上海徐汇区中心医院中医科创建于20世纪50年代，80年代中期建立中医病房，2004年获得“上海市综合性医院示范中医科”称号，2005年获批国家药物临床试验机构中医脑血管病专业组，2006年徐汇区中心医院成为上海中医药大学教学医院，中医科成立中医内科教研组。2008年获得国家中医药管理局批准为“十一五”重点专病（偏头痛）学科。2009年我院被国家中医药管理局批准为全国第三批中医治未病试点单位，同年成立中医预防保健科。
　　中医科分为中医病房、中医门诊、中医预防保健科，有中医内科、中医伤科、推拿科、针灸科等二级科室。中医科病房核定床位42张，开放50张，并设有中医特需门诊、专家门诊、膏方门诊、专科门诊。中医科专科有“偏头痛、脑血管病、脾胃病、神经精神疾病、肾脏病、皮肤病、内分泌代谢病、乳腺病、月经病、针推治疗腰椎间盘突出症、颈椎病”等，其中血管性头痛、脾胃病、脑血管病、神经症、妇科病在市区享有盛誉。中医科年门诊量达十万人次。
　　中医科建科初期就有10位中医医师，5位针推医师，他们大多毕业于新中国成立前的上海中医学院，有些在解放前就有自己的诊所及中药房，解放后他们进入公益医院工作，为徐汇区中心医院中医科的创立发展打下了坚实的基础。经过五十余年的发展壮大，现在的中医科共有医护人员共28人，医师18名，护士10名。其中医学博士3名，硕士2名；主任医师1名，副主任医师7名，名老中医学术继承人2名，区学科带头人2名，区学科后备带头人1名，兼职教授副教授共4名，中级职称以上医护人员18名。
　　中医科历年来被评为上海市劳模集体，上海市文明班组，上海市模范小家，徐汇区先进集体，徐汇区三八红旗集体，部分医师获得上海市“先进个人”、徐汇区“三八红旗手”、区“先进工作者”、区“杏林新星”、区“学科带头人”等称号，获得全国“人文医师奖”、区“华陀奖”、区“光启医学科技奖”等奖项。
医疗特色：
1）偏头痛专科：
　　我院中医药治疗偏头痛（经验方颅痛饮）已有30年的临床经验，疗效显著，与国内同级别医院及三级医院相比均具有明显优势。颅痛饮在缩短头痛时间、预防头痛发作方面优于其他中药及西药，而且无明显毒副作用。我科特色专科（病）我院偏头痛特色专科由姚永年主任始创，自拟颅痛饮方。该方自80年代中期开始经大量临床验证，对偏头痛（尤其是肝阳上亢型）具有良好的疗效，总有效率达85%以上，获得上海市卫生局偏头痛单病种质控研究项目并通过验收。多年来，我科在中医药治疗偏头痛的临床实践中，已经形成颅痛饮系列处方，也形成诊治偏头痛的人才梯队。目前我院偏头痛专科门诊量达5万/年。上海电视台“名医大会诊”栏目也进行了专题报道。由于疗效显著，已成为国家中医药管理局“十一五”偏头痛重点专病。目前项目还在进行中，已经制定偏头痛诊疗规范，并在全国范围内进行临床验证。
2）脑血管病专科：
　　我科为国家药物临床试验机构中医脑病专业组，也是我科的重点专科。我科脑血管病患者年门诊量为3万余人，住院患者中，脑血管病患者比例高达80%。借助药物临床试验平台及市、区级课题研究，我院在中医中药治疗中风、痴呆等领域已经积累了丰富的临床经验和体会。
　　中风病症（缺血性中风、中风后遗症）：每年诊治中风患者8000余人，根据中风辩证，应用天麻钩藤饮、镇肝熄风汤、补阳还五汤等经典方治疗中风、中风后遗症取得了较好临床疗效。同时还自拟脑梗塞1、2号方进行诊治，获得良效。中风后并发症的诊治也积累一定经验，如中风后抑郁、心脑综合症、中风后血管性痴呆等。痴呆病症（血管性痴呆为主）患者500余人。徐新春博士对痴呆患者（以血管性痴呆为主）根据内经“心主神明”及“治痰即治呆”理论，3年来应用清心化痰汤治疗血管性痴呆及老年期痴呆近200例，治疗后患者的记忆思维及生活能力有明显改善。
3）脾胃病专科：
　　张慧主任师从全国名老中医胡建华，对功能性胃肠病、胃炎、胃食管反流病、消化道肿瘤等有独特的临床经验。建立脾胃病专科已达10余年，临床疗效达85%。在此基础上，有课题、有论文。
4）颈腰椎病专科：
　　李建萍副主任师从上海名老中医滕松茂，对针灸治疗骨关节病疗效较好，其中以药水罐治疗颈型颈椎病具有很好的临床疗效，本专科在我科已经开展十余年，临床特色明显，疗效显著，在上海市卫生局立项进行研究，目前项目已经完成并通过验收。成果已在我区社区卫生服务中心进行推广，并且申报上海市科技成果奖。
5）预防保健专科：
　　为体现中医治未病思想，响应国家开展治未病健康工程号召，我科正在努力构建中医特色明显、技术适宜、形式多样、服务规范的中医治未病预防保健服务体系，2009年获国家中医药管理局第三批治未病试点单位，在此基础上，我们成立了中医预防保健一级科室，制订了中医体质辨识规范，已经开展了部分健康人群的体质辨识，建立了电子档案，不断提高中医预防保健服务能力和水平，满足人民群众日益增长的多层次多样化的中医预防保健服务需求。
6）其他
　　高血压病专科、老年病专科、肾脏病专科、神经精神疾病专科、内分泌代谢病专科、乳腺病专科等均在建设发展中。