神经内科成立于1997年，随着医院的发展及学科人才培养计划的实施 已形成了年青的知识梯队，科室现有主任医师1人，副主任医师2人，主治医师3人，医师2人，主治医师以上资格的人员均在北京等地国家级医院神经内科进修学习，开展业务有：脑血管病的诊治，急性脑梗死溶栓治疗，颅内感染性疾病诊治，帕金森氏病，脱髓鞘疾病，癫痫，肌肉病，周围神经病及脊髓病诊治。随着医院基础设施不断完善，专用设备及配套设施的齐全，科室业务范围不断扩大，自2003年科室开展了肌电图及诱发电位仪用于肌肉病、神经损伤、视听障碍等疾病的诊断及鉴别诊断；于2004年派人员在北京天坛医院学习卒中单元，并成立了康复室，购进了专业康复设备，使脑血管病在药物治疗的同时开展了肢体康复、语言康复、吞咽障碍康复、健康教育、卒中后心理障碍的测评及治疗；2005年派人在北京友谊医院热带病研究所学习脑囊虫病的诊断及治疗；自2002年至2006年科室开展了《蒙古族地区青年人脑梗死的临床研究》，已获得兴安盟科技进步一等奖。近几年科室又开展了动脉硬化风险预测、同型半胱氨酸与脑血管疾病的相关性，颈动脉超声检查在缺血性脑血管病中的临床应用，进一步明确了血管病变及程度，为临床药物治疗及介入治疗提供了证据。随着学科发展，神经内科已成为兴安盟医院重点科室。