儿童康复医学科于2013年12月正式成立，其前身系康复医学科内的儿童康复组（亚专科），依托省康复医学重点学科，是浙江省儿童康复专业委员会主任委员和温州市儿童康复医学会主任委员单位。
科室成员包括教授和主任医师1名，副主任医师1名，主治医师3名，住院医师1名，共6名医师（博士1名，硕士5名），儿科护士3名，儿童康复治疗师12名组成。科室位于医院康复中心康复病区（G03）内，目前拥有病床18张。
　　主要开展的工作包括：1、高危儿的早期筛查和早期干预；2、小儿发育迟缓的筛查和干预（包括运动发育迟缓、语言发育迟缓等）；3、脑性瘫痪的诊断和治疗；4、重症颅脑损伤、脑炎、脊髓损伤所致的肢体功能障碍和周围神经损伤（包括面神经瘫痪、坐骨神经损伤）；5、小儿自闭症的筛查、诊断和干预；6、多动症、学习困难、抽动症等行为心理异常的诊断和干预；7、小儿先天出生缺陷、遗传代谢病、小儿骨关节术后等疾病的康复治疗。目前治疗的手段有运动疗法、物理因子治疗、作业疗法、传统医学康复疗法、 语言治疗、康复工程、药物治疗、手术治疗、心理与教育康复等。脑瘫治疗总有效率97.8%，年龄小者可治愈或“正常化”；年龄大者可改善运动功能和认知功能以及言语功能，提高生活能力。对脑外伤、脑炎所致的功能障碍有效率为100%。2008年率先在浙江省内开展高危新生儿早期筛查和干预，有效地减少了高危新生儿的后遗症。对自闭症患儿开展了ADOS和ADIR 等诊断技术，对多动症儿童采取心理治疗和功能训练相结合原则，有效减少多动症状，提高学业成绩。儿童康复年收治500余例患者,疑难危重症达16.4%，好转率98%，平均住院日14.5天。
　　除了临床工作以外，自2004年以来参与温州医科大学康复治疗专业本科生、省康复治疗师专升本继续教育、省康复医学住院医师、留学生、研究生等教学工作。招收硕士研究生45名，在读硕士研究生1 8名。
　　科室目前有各类省市级课题10余项，研究经费达300余万元，申请国家专利3项。