科室成立于1985年。目前拥有医护人员30人，其中专科医师15人、护士15人。现有主任医师3人，副主任医师5人，主治医师3人，硕士8人，在读博士1人。具备合理的学术梯队。病区固定床位数39张，年收住病儿2000多人次。周一至周六均开设专科门诊，并设有小儿便秘专病门诊。科已完成厅局级科研课题10余项，其中2项获市科技进步三等奖。在国内核心刊物上发表论文80余篇，是全国小儿消化学组委员所在单位，多位医师是学组下设的协作组成员。学科将继续努力，愿与国内外儿科医学界同仁开展各种学术交流。
　　技术优势：
　　1、专科医师具有良好的医德素质与丰富的临床诊治经验。对消化系统疾病，尤其对难治性腹泻、顽固性便秘、慢性腹痛、婴儿肝病综合征、重症胰腺炎等疾病均有一套较成熟的诊疗规范。
　　2、专科在浙南地区率先开展小儿内镜检查， 配备有适合新生儿至16周岁儿童检查口径的电子胃镜和结肠镜。除开展常规内镜检查外，内镜下行上消化道异物取出术、息肉摘除术、食管狭窄扩张术等已成为专科特色治疗，高成功率使患儿免受传统手术之苦。而胶囊内镜检查的开展更是提高了小肠疾病的诊断率。2012年依托院小儿麻醉的强大技术力量，科已常规开展无痛内镜检查，安全舒适的无痛检查获得了患儿及家长的一致认可。专科与成人消化科合作的消化内镜诊疗中心是卫生部下属的内镜培训基地，为浙南地区消化专科医务人员提供培训学习的机会。
　　3、科是国内率先开展小儿胃肠动力学方面研究的专科之一，现已开展食管下段24小时PH值监测，食管下括约肌功能测定，食道、肛门直肠测压，胃排空、胃肠通过时间测定、胃电图等检查。尤其是对便秘病人的生物反馈治疗、对胃轻瘫病人的胃肠起搏治疗，均已成为学科特色，并取得很好的社会效益。
　　4、科联合小儿外科、营养科、护理部等成立的临床营养治疗小组，致力于营养风险的筛查、评估和干预，对慢性腹泻、急性胰腺炎、炎症性肠病、营养不良、严重食物过敏、短肠综合征、消化道瘘等患儿进行规范的营养治疗，可降低并发症，较少医疗成本，改善生活质量。