小儿普通外科是院创始学科之一，自从1981年小儿外科成立以来，小儿普通外科就是其基础和重点，并由此逐渐派生出其它小儿外科的亚专科。目前小儿普通外科包括小儿急诊外科、小儿肿瘤外科、小儿肝胆外科、小儿肛肠外科等专业内容。小儿普通外科在全国有一定影响力，学科成员担任了中华医学会小儿外科学分会委员及肿瘤、肛肠等专业组副组长和委员，中国抗癌协会小儿肿瘤专业委员会常委，浙江省抗癌协会小儿肿瘤专业委员会副主任委员；同时也是《中华小儿外科杂志》和《临床小儿外科杂志》编委，及《儿童实体肿瘤诊疗指南》副主编、儿科专业全国统编教材《小儿外科学》编委。目前还是浙江省医学会小儿外科分会主任委员单位。
　　小儿普通外科凭借先进的医疗理念，扎实的医疗技术，严谨的工作作风和默契的团队合作，学科建设发展迅速，临床疾病诊治达到国内先进水平。经肛门巨结肠根治手术、pena术治疗先天性肛门闭锁、先天性胆总管囊肿切除术、先天性十二指肠梗阻手术、Nissen手术治疗胃食管反流等均已是科常规的手术方法，并取得了肯定的疗效。另外，还开展巨大腹部肿瘤切除术、肾上腺嗜络细胞瘤切除术、巨型腹裂和脐膨出修补术、肝肿瘤切除术、Heller手术、药物注射治疗血管瘤和淋巴管瘤等均取得了良好的疗效。此外，开展的小儿腹腔镜手术包括小儿阑尾炎、幽门肥厚性狭窄、先天性肠道畸形、消化道出血的腹腔镜探查、腹腔囊肿切除，卵巢肿瘤手术、肾上腺肿瘤切除、脾切除和先天性巨结肠根治等大部分普外科手术。科在努力提高治愈率的同时，还注重功能恢复和美容效果的改善。同时，为解决住院难问题，科还开展斜疝、鞘膜积液、皮肤软组织肿瘤等疾病的日间外科手术，方便了病人，减少了费用。
　　小儿普通外科作为小儿外科的一部分，是温州医学院重点建设学科、医院重点学科。2007年小儿普通外科学被评为浙江省医学重点扶持建设学科，2011年小儿外科学被评为浙江省医学支撑学科，是国家卫生部专科医师培训试点基地和浙江省住院医师制度化培训基地。目前，小儿普通外科拥有主任医师2名，副主任医师4名，硕（博）士生导师2名，博士2名，2001年起招收小儿外科硕士研究生。