温州医学院附属第二医院呼吸学科是国务院首批硕士学位授予点，30年来一直把小儿呼吸系统疾病和变态反应疾病作为学科的研究方向。学科主攻方向为：哮喘发病机理及防治研究；病毒性肺炎与哮喘发病关系的研究；小儿呼吸道感染与免疫关系研究；小儿睡眠障碍和呼吸功能研究等。
　　学科创立伊始由国内著名儿科专家黄达枢教授领衔对毛细支气管炎的临床及流行病学特点进行调查研究，率先在全国提出“流行性喘憋性肺炎”的概念，同时对发病机理进行初步探讨，成果被全国各大医院采纳，并被写入《实用儿科学》。之后陆续开展毛细支气管炎患儿体液免疫功能、心功能的研究、细胞因子作用研究等，并先后用初乳提取的sIgA和IVIG等进行治疗收到较好的疗效，成果获省科技进步奖。近年来对毛细支气管炎和哮喘的关系、哮喘的发病机理、小儿睡眠呼吸障碍和哮喘的关系、中药对哮喘的疗效和机制、哮喘的防治和管理进行系列研究，成果居全国领先水平。目前正在国家和省自然科学基金的资助下就基因调控、信号转导、细胞凋亡在哮喘发病中的作用、间歇低氧对认知功能的影响、病毒性肺炎的基因多态性等领域开展更深层次的研究。
　　20世纪70年代开展小儿啼哭肺功能研究，在国家自然科学基金资助下成功开发了小儿肺功能仪，成果获省科技进步奖。之后陆续引进脉冲震荡（IOS）、潮气流速容量环等新技术，开展了膈肌疲劳、机械通气患儿呼吸功能监测等课题，居国内先进水平。本专业致力于推动全省范围小儿呼吸系统常见病、多发病的规范化治疗，致力于小儿纤维支气管镜检查术、肺泡灌洗术的应用和推广。专业对哮喘患儿的规范化治疗和管理、慢性咳嗽的程序化诊治以及小儿呼吸系统影像学在临床的应用已居全国先进水平。专业承担的《儿童呼吸系统和变态反应性疾病诊治进展》课程被列为国家级医学继续教育项目，技术辐射面已遍及全国。
　　目前学科由呼吸病房、重症监护病房、呼吸门诊及治疗室、呼吸研究室组成，拥有高级职称技术人员14位，拥有博士生导师1人,硕士生导师8人,国内访问学者导师1人，省内访问学者导师2人，浙江省卫生高层次创新人才和浙江省高校中青年学科带头人各1人,浙江省151人才工程5人，市551工程人才7人次，是浙江省和温州医学院医学重点学科，浙江省小儿呼吸系统疾病诊疗研究中心和温州市重点实验室（儿科呼吸）设在本学科，是全国小儿呼吸学组副组长单位，浙江省儿科哮喘协作组组长单位、全国小儿睡眠呼吸障碍协作组副组长单位、全国小儿纤维支气管镜协作组副组长单位。