吴淞中心医院消化内科是进行系统疾病诊断、治疗独立的专业科室，技术力量雄厚，设备先进，在宝山区处于领先地位。
吴淞中心医院消化内科设有床位30张，主任医师2名，副主任医师4名，主治师医师1名，并聘请国内知名消化病专家王国良教授常驻医院，指导查房，开展了全消化道的内窥镜检查及治疗、ERCP、腹水浓缩静脉腹腔回输等工作，对上消化道大出血、肝硬化腹水、重症溃疡性结肠及急性胰腺炎等消化内科重症病人的救治及常见多发病的诊断、治疗具备较高的专业水平，同时开展的胃肠息肉内镜下摘除术、食管狭窄的内镜下扩张术、十二指肠镜下乳头肌切开胆总管取石术在宝山区内处于领先。