外科包括肝胆外科、胸外科、肛肠外科、普外科四个专业组，是阜阳市整体护理模式病房，肝胆外科是市特色专业，食管癌专业为院特色专业。现开设病床44张；全科医护人员23人，其中副主任医师4人，主治医师4人。该科开展的肝叶切除术、肝硬化门脉高压断流和分流术、胰十二指肠切除术、食管癌根治术、全胃切除、结肠、直肠癌根治术、纵隔肿瘤切除、甲状腺切除、乳癌根治等手术已达到三级医院水平。肝胆外科已开展腹腔镜胆囊切除术；肛肠外科擅于痔疹、肛裂、肛周脓肿、直肠息肉等手术治疗，外一科在肿瘤的诊治方面有专门研究，开展了甲状腺、乳腺、食管、胃、胰腺、直肠、纵隔等部位肿瘤手术疗法。该科全体人员对待技术精益求精，学术风气较为浓厚，每年在国家级核心期刊上发表有价值学术论文数篇。近年该科以精湛的医术、高尚的医德、一流的服务赢得了广大病患的赞誉。