耳鼻喉科承担了太仓地区耳鼻喉科疾病的诊断及治疗。目前科室共有医务人员六名，他们具有高级职称，中级职称，具有从事本职工作的过硬本领，是一批技术精、作风硬服务好的专业队伍，耳鼻喉科无论规模，医疗设备医疗技术水平均处于领先地位。
　　科室病区能开展一些常规及复杂手术，包括鼻窦病变，上颌窦及筛窦息肉、囊肿，慢性中耳胆脂瘤，鼓膜穿孔，声带息肉，鼻及喉部良性及恶性肿瘤。尤其采用微创手术在鼻内窥镜下，鼻腔电动吸切器下摘除鼻腔息肉及鼻窦囊肿。鼻窦微创手术改善了鼻腔通气功能，保持了鼻腔的正常的生理功能，这种鼻窦内窥镜下的手术，不影响病人的面容，术后反应小，鼻息肉复发的机会少，是鼻窦疾病的理想的手术途径。在显微镜下行声带息肉摘除术，损伤少，病人无痛苦声带术后愈合快，发音恢复时间短，是声带疾病理想手术途径。在显微镜下开展中耳鼓室成形术，上鼓室胆脂瘤切除术，乳突根治术，术后病人听力明显提高恢复病人的正常鼓膜。采用微波凝固治疗鼻出血，尤其儿童和青少年有效率达98% 。开展电视图象纤维鼻咽喉镜，提供彩色图片，是早期诊断鼻咽癌，声带小结，声带息肉，喉癌等喉部病变的一种理想的诊断仪器。应用电测听和声阻抗仪器为耳科疾病听力提供可靠诊断依据。
　　该院耳鼻喉科特邀请上海复旦大学附属医院两位教授每二周（星期六、日）各一次专家门诊，两位教授擅长耳鼻喉科肿瘤手术等疑难杂症。
　　该院与上海交通大学附属第六人民医院耳鼻喉科头颈外科合作开展阻塞性睡眠呼吸暂停