疼痛科是主治慢性疼痛性疾病及其急性发作状态的一门学科，属于临床一级学科。该院1997年开始开展疼痛门诊工作，2009年初成为常规门诊，2012年3月成立疼痛诊疗中心。疼痛科现有3名专职医师，及2名疼痛门诊兼职医师。疼痛科拥有先进的诊疗设备：德国Joimax椎间孔镜、美国jiexi等离子射频仪、神经射频仪、德国Herrmann臭氧仪、Donie半导体激光仪等。该院疼痛科在绍兴市该学科中最先开设常规门诊和病区，疼痛科门诊总量在10000人次/年以上，出院病例300余例，开展颈腰椎间盘突出症的微创手术和各种神经痛的微创治疗200余例。发表论文10余篇，开展课题6项并多次获得省市县科技进步奖。学科诊治条件和水平达到省内先进水平。
　　目前开展的诊疗项目主要有以下几个方面：1.颈、腰椎间盘突出症；2.三叉神经痛、肋间神经痛、带状疱疹后神经痛等神经痛；3.肩周炎、膝关节骨性关节炎等各种关节炎；4.颈椎病、颈源性头痛、丛集性头痛等头颈痛；5.肿瘤晚期疼痛等。主要的先进技术有：1.椎间孔镜技术治疗腰椎间盘突出症；2.等离子射频消融术治疗颈椎间盘突出症、盘源性腰痛；3.三叉神经射频热凝术；4.腹腔神经丛毁损、吗啡泵等治疗晚期癌痛；5.臭氧灌洗技术治疗难治性关节炎等。