药剂科是全院设立最早的部门之一，负责全院药品的供应、调剂、制剂、TPN配制及临床药学工作，负责药品进入医院以后的全程质量管理和药品不良反应监测工作。科室长期为成都医学院、重庆药剂学校、雅安职业技术学院、四川省中医药专科学校、四川省卫生学校等学校的实习场所，同时承担着遂宁市三县两区和周边地区下级医院药学专业进修任务。
　　药剂科设有门诊西药房、住院部药房、第二住院部药房和北河街门诊部药房、制剂室、TPN 配制室、西药库、药检室、临床药学室等部门。
　　药剂科现有工作人员54名，其中副主任药师6名，主管药师15名，初级职称30名、工人3名。其中硕士2人，大学本科15人，大专23人，54名工作人员中有19人取得国家食品药品监督管理局注册的执业药师资格。药剂科的库房管理、制剂室及各个药房的药品管理及处方划价等工作都已计算机化。药剂科部分同志曾获得过市科技进步二等奖。2000年以来在省级以上杂志发表论文28篇。编写了《药讯》和《临床药学简报》。