三明市第二医院康复科成立于1999年11月，是以神经系统疾病为主攻方向的临床一级学科，通过人员培训、添置设备，已成为符合现代康复医学模式的规范化科室。处在省内较为领先的水平，基本具备康复医学治疗中心的条件。
　　三明市第二医院康复科包含门诊、急诊、病房、语言治疗室、运动治疗室、高压氧治疗室、针灸治疗室、理疗室、脑电图室、肌电图室。拥有康复设备100余万元、拥有肌电图、脑电图等设备，同时，医院还有多排螺旋CT、核磁共振、大型生化分析仪等，相关科室，如心内科、肾内科、心理科等也有较高的水平。上述硬件，为建立卒中单元模式，开展早期的康复治疗，奠定了基础。康复科病房于2004年进行全人性化改造，环境整洁优雅。
　　三明市第二医院康复科有1名神经内科副主任医师、2名兼职副教授、1名兼职讲师、4名康复治疗师、1理疗师、1名针灸师等，其中在读硕士1人。神经科医师接受过上海仁济医院、江苏省立医院、北京协和医院的专科培训，康复治疗师接受国内正规的康复机构的训练，针灸师是本科毕业，也到过上级医院培训。人才的合理培养及合理配置，为科室的正常运作，提供了技术保证。
　　三明市第二医院康复科率先在三明地区引进先进的“卒中单元”管理模式，对急性脑卒中患者进行早期诊断、超早期内科治疗、早期康复措施介入相结合的方法，运用药物治疗、早期运动治疗、认知与语言康复等综合手段，极大地改善了脑卒中患者的预后，为患者神经功能重建打下了良好的基础。对于痴呆、帕金森氏综合征、脑外伤、儿童脑瘫等神经系统常见疾病综合康复也有多项康复新技术的开展。《脑卒中的综合治疗》、《动态脑电图在临床上的应用》获得医院新项目二等奖，采用新的治疗方法治疗神经系统疾病取得了较好的效果，就诊人数逐年增多，病人来自广州、福州、上杭、长汀、连城、尤溪、将乐、三明、大田、永安等地，已康复700来人，取得了较好的社会效应，并取得了一定的经济效益。为患者减轻了残疾的程度，让他们重归社会，减轻了家庭、社会的负担。