上海市儿童医院呼吸科是我国最早成立的儿童呼吸科专业的科室之一，是我国儿科呼吸专业临床和科研以及疑难病诊治中心。2009年成为院重点建设学科，并成为上海交通大学儿童呼吸道感染性疾病诊治中心及上海交通大学儿童哮喘诊治分中心。

呼吸科设有专科门诊，哮喘门诊，专科病区(床位37张)。拥有支气管镜检查室、肺功能室、特异性免疫治疗室和中心雾化室等。主要特色：1.小儿呼吸系统感染性疾病的诊治、病原微生物及细菌耐药监测。2. 小儿哮喘及相关的过敏性疾病的系统诊治、特异性，免疫治疗和随访。3. 小儿呼吸系统疑难和难治性疾病诊治。

呼吸科拥有一个近30人的高素质呼吸专业人才队伍。其中主任医师3名、副主任医师3名、主治医师3名。近年来呼吸科承担了国际合作科研项目2项，全国多中心研究2项和院级科研2项。