上海市儿童医院(上海市交通大学附属儿童医院)泌尿外科是国内最早建立的小儿泌尿外科专业科室。2009年成立的上海市交通大学“先天性泌尿生殖系畸形外科诊治中心”，作为国内少数具有全面、专业性的小儿泌尿生殖系统先天畸形疾病诊断、治疗、科研等的亚学科，处于国内领先水平。每年完成大中型手术超千例，95%以上病儿来自外省市，慕名求诊的港澳及国外病例数也逐年上升。

泌尿外科在博士生导师陈方教授带领下，诊治范围涉及所有相关疾患，重点擅长泌尿生殖系先天畸形矫治、肿瘤综合治疗、外伤以及各种疑难杂症处理。在尿道下裂、肾积水、隐匿阴茎、隐睾、膀胱输尿管反流、肾发育不良、膀胱外翻与尿道上裂、两性畸形等先天性病变的诊治处于国内领先水平，部分已达到或超过国际先进水平。小儿泌尿生殖系肿瘤，尤其是肾母细胞瘤、肾上腺肿瘤等的存活率以及睾丸良性肿瘤的睾丸组织保留率接近国际水平。对于排尿异常的诊治，针对性诊治令不少病例重获满意的生活质量。