1.牙体牙髓科：
牙体牙髓科作为一个传统的口腔内科临床科室，拥有着一批经验丰富的老、中、青医疗队伍。科室现有主任医师2名，副主任医师4名，主治医师4名，医师3名，其中有博士学位2名，硕士学位9名。科室现有牙科综合治疗椅14台。
牙体牙髓科临床治疗范围包括龋病修复治疗，现代根管治疗，外伤牙治疗，前牙美容修复，牙本质过敏治疗，根尖外科手术等。近年来，科室购进了根管显微镜、镍钛根管治疗系统、超声根管治疗仪、热牙胶充填仪、激光综合治疗仪等先进的诊疗设备，开展了自动化根管预备技术、热牙胶充填技术、显微根管治疗等新技术，使一些疑难复杂病例（如弯曲钙化根管、髓室底穿孔、根管侧穿、根管器械分离、严重根尖破坏、牙髓牙周联合病损等）的治愈成为可能，技术与国际接轨。
　　2.牙周科：
中国医科大学附属口腔医院牙周科，和牙体牙髓科、口腔粘膜科一并成为口腔内科的三个分支科室，现有主任医师1名，副主任医师1名，主治医师7名，医师2名，其中博士学位3名，硕士学位7名。科室现有牙科综合治疗椅8台。
牙周科是治疗牙龈疾病和牙周疾病的专业科室，是东北地区最权威且技术全面的牙周治疗中心。临床开展规范的牙周序列治疗，常规进行龈上洁治术、龈下刮治术、根面平整、翻瓣术、牙冠延长术及维护期复查复治，注重患者的长期随访、口腔卫生宣教，以求得长期而稳定的疗效。近年来，开展的新技术有GTR、GBR、植骨术、牙半切术、游离瓣移植术、牙周显微外科手术等，达国内领先水平与国际接轨。
　　3.口腔粘膜科：
口腔粘膜科现有主任医师1名，副主任医师1名，配备牙科综合治疗椅2台。
口腔粘膜科是以口腔粘膜病的防治为专业特点的科室。本科室将现代医学与祖国传统的中医学相结合，对扁平苔藓、复发性口腔溃疡、白斑、慢性盘状红斑狼疮、天疱疮、干燥综合症等疾病的诊断和治疗处于国内领先水平，并以良好的医德医风受到了患者的一致好评。