上海儿童医学中心风湿/免疫科主要包括风湿免疫、过敏免疫和免疫缺陷三个临床方向。其中，风湿免疫是国内儿童医院中较早开展儿童风湿疾病专科诊治的科室，诊治的疾病包括所有的儿童风湿疾病，如系统性红斑狼疮、过敏性紫癜、幼年特发性关节（即幼年类风关）、幼年皮肌炎/多发性肌炎、干燥综合征、混合性结缔组织病，以及与儿童风湿病相关的肺间质病变等危重症；过敏免疫是2003年与美国Virginia Commonwealth University儿科合作共建之项目，也是国内儿童医院中首家开展过敏免疫诊治的科室，其专科的前身为临床免疫科，创建于1978年；免疫缺陷也是国内最早开展原发性免疫缺陷病免疫分型和基因诊断的科室，并于2006年牵头利用造血干细胞治愈了国内首例原发性免疫缺陷病病患儿，开创了这一领域的临床治疗之先河。

　　上海儿童医学中心风湿/免疫科是我国儿科免疫学组的发起单位，也是上海变态反应学会、上海儿科免疫学会和上海儿科免疫学组创始单位。目前与儿内科共属于国家“211工程”上海交通大学医学院儿科学重点学科，是我国诊治儿童风湿/免疫疾病的主要单位之一，目前在国内享有很高声誉。2019年6月1日，医院的综合大楼将正式落成使用，届时风湿/免疫科的床位将达20余张，此举将大幅缓解医院目前风湿/免疫患儿住院紧张之现状。　　

　　上海儿童医学中心风湿/免疫科目前有主任医师2名，副主任医师1名，主治医师3名，住院医师1名，其中，博士学历3名，硕士学历3名。同时设有小儿临床免疫研究室，以便基础和临床研究。本学科为硕士、博士学位授予点，目前已培养博士研究生8名，硕士研究生12名。目前已完成国家级和省部级等科研项目20余项，累及科研基金200多万。获上海市级科技进步奖3项。发表SCI学术论文21篇，其中通讯作者10篇，共同第一作者2篇；发表中文学术论文80余篇，其中第一作者或通讯作者38篇。主编专著1部，参编专著10余部。