上海儿童医学中心感染科是是集医、教、研为一体的临床科室。在国内率先实现感染、微生物检验和临床药剂师联合查房，成为我科突出的特色和创新点。
　　感染科现有医生7人，主任医师1人，副主任医师2人，主治医师2人。学科带头人周云芳主任现任中华医学会儿科分会感染专委会委员，上海医学会儿科分会委员、儿科感染学组组长。本科室为硕士学位授予点，已培养硕士研究生4名。感染科临床部分包括感染性疾病专科和专家门诊、传染病门诊。感染科医师以专业指导的模式，为外院，以及院内各临床科室提供感染性疾病以及相关疾病方面的会诊，包括：抗生素合理应用、各种感染性疾病诊治等。全年因感染性疾病会诊和特殊类抗菌药物监测的病例8千余例次。其中，疑难、耐药菌感染诊治是本科的特色，已积累了丰富的临床经验并探索出一套完整的诊断思路和治疗方案。
　　感染科积极配合医院感染管理科，负责耐药菌院内感染监测、协助耐药菌院内感染暴发流行监测和控制、参加特殊使用类抗菌素（如碳氢霉烯和糖肽类）抗生素的管理。
　　本科室为进修医师和住院医师规范化培训项目的培训点之一，为培养医师在感染性疾病的甄别、处置能力，以及提升医院感染预防知识。
　　感染科在圆满完成临床工作的基础上，注重临床科研。5年来，相继承担了国家自然科学基金、上海市科委科研基金、上海市卫生局科研基金、浦东新区科技发展基金创新基金等科研项目，获得课题经费100余万元。研究项目主要包括：“基于血管内皮损伤的胞外组蛋白对脓毒血症进展的分子机制研究”；“利巴韦林气雾剂循证医学的研究”、“小儿细菌感染性疾病的基因诊断”等。伴随课题的实施，在国内外知名医学杂志上发表论文数十篇（其中SCI论文4篇）。