1959年10月建科，是成立最早的科室之一。学科点的创始人是我国著名耳鼻咽喉科专家、一级教授李宝实、钱士良和萧轼之，1964年首次招收研究生。1978年恢复研究生制度后为硕士授予点，1991年又获得在职硕士学位授予权，1998年成为博士授予点。

建科以来，历任科室主任是：钱士良、胡雨田、陆书昌、孙爱华、范静平;历任科室副主任是：刘秉寿、陈楚樱、吴建。历任高级技术职务的还有教授、主任医师吕光宇、魏新邦、冯文杰、萧璧君、赵舒薇、廖建春;副教授、副主任医师彭玉成、林顺涨、王海青、叶青。目前在科工作的医技系列高级职称9人，中级职称2人，初级职称3人，护理系列人员13人。

该科现有编制床位45张，展开床位52张，主要收治内耳疾病、听神经瘤、前颅底与侧颅底肿瘤、鼻窦疾病、咽喉与头颈肿瘤等病种。年均收治病人1500人次，年均手术1300台次。

经过老一代学科带头人钱士良、胡雨田、陆书昌等老教授的精心策划及建设，为学科发展奠定了良好的基础。近年来，在现任科主任、博士生导师孙爱华教授带领下，紧跟国际耳鼻咽喉-头颈外科学发展的步伐，在内耳疾病与耳神经外科、鼻窦解剖与内镜手术、喉与头颈肿瘤外科等方面形成了专业特色，在国内外、军内外有一定学术地位。该科承担第二军医大学五年制、七年制本科及大专等多层次耳鼻咽喉科学教学任务，是全国高等医药院校教材《耳鼻咽喉科学》第五版和《耳鼻咽喉-头颈外科学》第六版主编单位之一。在研究生教育、进修医师培养方面也形成了自己的特色，既注重科研能力、也注重临床诊疗水平的提高，毕业或结业学生的质量受到军内外好评。该科医疗、科研成果突出，获省部级/军队科技进步(医疗成果)一、二等奖6项，三等奖10余项，其中赵舒薇教授主持的喉癌功能保全性手术，在重建喉功能的同时，显著提高了中晚期喉癌患者的术后生存率，2001年获上海市科技进步一等奖。近年来，科室先后获国家专利5项，获国家、省部级科研基金8项，主编专著10余部，在国内外发表中英文论著200余篇。