复旦大学附属中山医院心理咨询门诊始于1987年。医学心理科前任主任徐俊冕教授和现任主任季建林教授，筚路蓝缕，承前启后，先后开展认知行为治疗、人际心理治疗以及危机干预等心理治疗技术，推广会诊联络精神医学服务和医学心理咨询，并且开展心理测评电脑软件的临床应用。作为复旦大学上海医学院精神卫生系的重要组成部分，医学心理科自1984年起，长期承担复旦大学上海医学院本科生及研究生的《医学心理学》和《精神病学》授课以及临床带教工作。
　　医学心理科目前共有医生7名，其中教授（主任医师）1名，副主任医师3名，主治医师2名，住院医师1名。有硕士生导师1名，复旦大学上海医学院授课教授1名，已培养18名精神卫生专业硕士研究生。科室多位成员在全国性重要学术机构任职，包括中华医学会精神病学分会、中华医学会心身医学分会、中华医学会行为医学分会、中国心理卫生学会等。
　　心理咨询门诊以药物结合心理干预的综合治疗为特色，在药物治疗基础上，还开展个体、团体认知行为治疗，婚姻治疗和家庭治疗。目前年门诊量约30000人次，其中特需门诊2500余人次。团体心理治疗，年300余人次。院内联络会诊，年800余人次。诊疗的主要病种包括抑郁障碍、焦虑障碍、双相情感障碍、睡眠障碍、进食障碍、躯体症状相关障碍、强迫障碍、适应障碍、应激相关障碍、早期精神病性障碍、以及躯体疾病伴发心理障碍等。