上海市第六人民医院心胸外科是医院重点发展的临床科室之一，能全面开展心、胸疾病的外科治疗。已开展的手术包括：1）气管手术：气管狭窄切除术。2）肺手术：肺叶切除术；全肺切除术；肺段、肺楔形切除；肺减容术等。3）食管手术：食管、贲门癌切除，胃食管吻合术；食管癌切除；Heller's术；食管平滑肌瘤摘除术。4）膈肌及纵隔疾病手术：外伤性膈疝修补术，食管裂孔疝修补术，纵隔内巨大肿瘤切除术，胸腺切除术。5）胸壁及胸膜腔疾病手术：胸壁良性肿瘤切除术；胸壁恶性肿瘤切除、胸壁修补成形术；慢性脓胸纤维板剥脱术；胸膜间皮瘤切除术。6）胸腔镜手术：胸腔镜肺叶切除术；肺大疱切除术、胸膜固定术；肺楔形切除术；全胸腺切除术；交感神经干切除术；漏斗胸矫治术。7）纵隔镜手术：纵隔淋巴结活检术。8）心脏瓣膜外科：二尖瓣成形、二尖瓣置换、主动脉置换、双瓣膜置换、三尖瓣成形。9）先心病外科：房间隔缺损介入封堵、室间隔缺损介入封堵、动脉导管未闭介入封堵以及直视下先心病修补。10）冠心病外科：冠脉搭桥术、不停跳搭桥术、室壁瘤切除术。11）大动脉外科：主动脉夹层动脉瘤介入隔绝、主动脉置换。
　　近几年来科室在微创外科方面取得很大进步，开展了全腔镜下肺癌根治、全胸腺切除、纵膈肿瘤切除以及对不适合介入治疗的房室缺行经胸壁小切口封堵等新技术，取得很好疗效。
　　科室在科研方面也有非常强的实力，拥有实验条件成熟的心胸外科实验室，已经完成上海市科委重点课题2项，上海市与法国国际合作课题1项和上海市卫生局课题1项，培养了多名博士生和硕士研究生毕业。目前，在研的还有2项上海市科委重点课题1项。而且，科室还承担上海交通大学医学院和苏州大学医学院的多项临床教学课题，每年接受大量本科生和研究生的辅导教育工作。