上海市东方医院感染科设有独立的肠道门诊、发热门诊及肝病门诊，每天至少接纳上百例门诊病人，设留观输液床位近三十张，是上海市唯一一个具备门诊留观输液的感染病专科。有着一支工作认真负责，医疗技术精湛，受过传染病专业培训的医德医风高尚的高素质医生、护士队伍。全科有医护人员9人，其中主任医师1人，副主任医师2人。博士1人，硕士1人。
感染科是各类传染病的院内第一道防线，承担着传染病的初筛、救治及转运工作。设有独立的挂号收费处、药房、检验科、诊室、治疗室，设有独立的隔离室和抢救室，各类防护用品品种齐全、储备充足。
感染科主要诊治发热待查、感染性腹泻、黄疸、各型病毒性肝炎、酒精性和非酒精性脂肪肝、自身免疫性肝病、药物性肝损、肝纤维化及肝硬化等，尤其是对各型肝炎鉴别诊断及抗病毒治疗方面有着丰富的临床经验。