山东中医药大学第二附属医院儿科1988年被批准为部级重点专科。先后获得“省富民兴鲁劳动奖状”、“省卫生系统先进集体”、 “山东省青年文明号”等荣誉称号。5年来有9项科研分别获得省部、市局级科技进步奖，发表学术论文52篇，其中核心期刊18篇。儿科现有医师15名，其中主任医师5名、副主任医师4名、主治医师6名。享受国务院特殊津贴专家2名，硕士研究生导师2名。有两名主任医师分别兼职担任山东省儿科专业委员会副主任委员、济南市儿科专业委员会副主任委员、山东省儿童保健学会副主任委员、济南市儿科专业委员会委员兼秘书和济南市围产医学会常务理事等。科室设有儿科门诊、急诊、微循环实验室、变态反应室和微量元素检测室、重症监护室、新生儿病室和普通病房，住院床位20张。 儿科具备50多万元的医疗设备，如四人心电监护仪（日本光电）、CSI-508多功能监护仪（美国）、微量输液泵（日本）、早产儿培养箱、蓝光保暖箱、新生儿蓝光治疗床（瑞士）、经皮黄疸检测仪（日本）、小儿用低压吸引器、末梢血糖计、经皮肺炎治疗仪、血铅和微量元素分析仪、儿童智力测试、多动症诊断系统、多媒体微循环检测分析仪等。
特色诊疗：
　　1、先天性心脏病的介入治疗：先心病介入治疗的主要优点是不开胸，几乎不存在手术创伤。只需在大腿根部插入很细的导管进行治疗操作，代替了较大的胸部手术切口。传统的手术需要体外循环甚至使心脏停止跳动的条件下进行，而介入疗法在心脏正常跳动情况下进行，减少了手术危险性。另一方面还满足了患者越来越高的审美要求。胸部长长的手术疤痕，可能会影响以后的就业、恋爱等一系列问题。介入治疗还具有恢复快、住院时间短等优点。儿科已经用介入疗法成功治愈了大量肺动脉瓣狭窄、动脉导管未闭、房间隔缺损、室间隔缺损等患儿。
　　2、小儿微量元素检测与铅中毒防治：人体中含有90种元素，这90种元素按一定比例构成了人体的组织器官，各种元素之间相互制约，维持着人体的正常功能活动。如果某些元素增高或降低，即元素之间的平衡被打破，将会导致人体生病。如儿童缺锌引起厌食、异食癖、消瘦、皮炎、免疫力下降和反复感冒。儿童缺铁易导致贫血、烦躁不安、反应慢、笨拙、注意力不集中，理解力、记忆力下降。儿科开展了采一滴末梢血检测5种微量元素、血铅和骨碱性磷酸酶，可以较全面地分析人体元素平衡状态，给与调整元素平衡的具体指导。
　　3、过敏性疾病的过敏原检测与脱敏治疗：近年来，过敏性疾病发病率逐渐升高，哮喘、湿疹、过敏性皮炎的反复发作不但危害病人的身体，更重要的是给病人带来极大的心理创伤，影响病人的生活、学习和工作。儿科变态反应室引进北京协和医院的过敏原检测和脱敏治疗技术，点刺法检测准确可靠无痛苦，可检测和脱敏几十种过敏原，几十年的临床实践证明这种安全、方便、价格低、疗效好的方法，为广大过敏性疾病患者带来了福音。
　　4、儿童矮小症、小儿性早熟等疾病的诊疗：与国内知名小儿内分泌专家合作，成立了小儿内分泌专科门诊。对儿童身高、性发育进行评价，通过必要的检查，找出身材矮小、小儿性早熟等疾病的原因，采用科学方法给与恰当的治疗。本门诊特聘请著名儿科内分泌专家定期坐诊。