苏大附二院中医科经十余年的建设，目前已较为完善。设有中医内科、中医外科、中医妇科、针灸科、理疗科及中医康复科等数科室，并形成了各自的治疗特色。

中医内科擅长治疗脾胃病、肝胆病、肾病、急慢性气管炎、哮喘、糖尿病及并发症、肿瘤放化疗后、中风后遗症等，并开展了冬令膏方进补调理项目。

中医外科擅长治疗痔疮、皮肤疖肿、痤疮等，并有运用推按运经仪治疗肾结石项目。

中医妇科擅长治疗月经不调、痛经、产后缺乳、不孕等。针灸科擅长治疗面瘫、中风后遗症、颈椎病、肩周炎、慢性腰腿痛、脊柱及各关节的劳损，并新开展了针灸减肥项目。

中医康复科、理疗科新进了许多康复器械，擅长治疗各种损伤及慢性疾病所致的功能障碍，如中风肢体偏瘫、脊髓损伤截瘫、骨折术后功能康复。并开展了骶疗(液体刀)治疗慢性腰腿痛的新项目。