苏州大学附属第二医院呼吸科现为苏州市医学重点学科和苏州市临床重点专科。目前有各级医护人员共41名，其中主任医师4名、副主任医师6名、主治医师10名、住院医师2名。所有医师均为硕士及以上学历，其中博士学历4名，在读博士6名。该科为博士硕士学位授予点，现拥有博士生导师2名，教授1名，副教授3名，硕士生导师5名，科室先后共培养博士研究生、硕士研究生近80余名。担任中华医学会及省、市级分会呼吸、睡眠、哮喘、变态反应、肺癌、呼吸及肿瘤康复等专业委员会常委或委员职务者27人次；6名医师曾先后赴日本、加拿大、法国、美国、新加坡访问学习。
该科现开放床位50张，年收住院患者近2000人次，出院患者满意度超过95%；年平均门诊量超过70000人次；建立肺癌、戒烟、睡眠、哮喘四个特色专病门诊。由该科主要牵头建立了该院睡眠呼吸暂停综合症多学科诊治中心、肺癌多学科治疗组、肺结节多学科诊断门诊，使上述患者可以接受更优化全面的多学科综合诊治、更精准的个体化治疗。此外，该科积极响应并承担突发公共卫生事件抢救工作，在SARS、禽流感爆发及昆山爆炸事件患者、南京放射源铱-192患者的救治中都发挥了重要作用。
呼吸科拥有多种国内、外先进的医疗设备。硬件设备包括：胸腔镜、超声支气管镜、电子支气管镜、床边纤维支气管镜、肺功能仪、便携式肺功能仪、多种型号无创及有创呼吸机、多功能监护仪、经鼻高流量吸氧装置、血气分析仪、多导睡眠监测系统等。目前成熟开展各类2、3、4级内镜检查和介入技术、CT定位下经皮肺穿刺活检技术。肺功能室常规开展通气、弥散功能及气道反应性测定、呼出气NO检查，并在省内较早建立了慢性气道疾病综合诊疗室和雾化治疗室。近年来开展肺癌靶向药物分子标志物检测，应用于晚期肺癌的个体化治疗。目前是中华慈善总会全国肺癌分子靶向项目医学评估点和中国卫生保健基金会肺癌患者援助项目指定合作点。科室联合胸外科、影像科牵头成立肺结节多学科诊疗中心，提高了肺结节的诊断效率和早期肺癌的诊断率。此外，呼吸科与神经内科共同组建医院多学科睡眠中心，拥有5间家庭式睡眠监测室，软硬件方面均处省内领先、国内先进水平。在省内率先开展了阻塞性睡眠呼吸暂停患者认知障碍的临床评估、睡眠呼吸障碍多次小睡实验、醒觉维持实验，开展人工压力滴定技术，成立了苏州市睡眠医学专业委员会，在苏州市起了领军作用。呼吸科护理单元在苏州市内较早开展PICC置管、输液港植入技术，为特殊输液患者尤其是肺癌化疗患者的安全的静脉通路。
近5年科研获奖4项（其中省级以上3项）、科研课题20项（其中省级以上9项）、SCI论文及中华系列论文40余篇，总研究经费及配套经费已逾400万元。每年承办国家级、省级和苏州市级医学继续教育学习班，积极将国内外研究动态和临床规范在省内和市内推广。另外，还承担苏州大学医学7年和5年制内科学、诊断学教学工作、南亚留学生双语教学及研究生的内科学临床课程教学和实习任务、临床型研究生和社会型住院医师培训工作。