神经外科是医院的第一批在建的重点学科，她作为温州市南翼神经外科医疗、教学、科研中心，承担着该市及平阳、苍南、文成等周边地区的医疗任务。科室现有病床60张，设有ＮIＣＵ病床６张。目前已开展的神外科手术有：脑外伤手术4500余例，脑出血手术800余例，颅内肿瘤切除术、颅内动脉瘤夹闭和血管畸形切除术、各类脊髓肿瘤切除术共计600余例。尤其是近年来，医院先后引进了核磁共振、螺旋CT、大型数字减影机、直线加速器，神经内窥镜、神经外科手术显微镜等现代化医疗设备，对脑肿瘤，脑血管病的显微手术治疗得到了迅速发展。采用微创技术开展了神经内镜经鼻蝶垂体肿瘤摘除术，脑干肿瘤手术切除术，保留面神经功能的听神经瘤全切术，颅底肿瘤切除术，脑动脉瘤夹闭包裹术，高颈段脊髓肿瘤切除、脑溢血小骨窗显微镜下血肿清除术等高难度手术等，已达到了省内先进水平。高压氧舱，理疗，运动康复等为患者神经康复提供功能齐全，技术过硬的后援。