该科创建已50余年，是医院的重要科室，在全市人民心目中享有很高信誉，在全省乃至全国儿科界亦有一定名气，是福建医科大学等医学院校重要临床教学基地。曾在创建我市儿童医院中起重要作用，並为其培养及输送了大量医疗护理技术骨干，亦为我市儿科医疗技术力量培养了大批人材，至今仍是我市儿科医疗教学科研中心。

自市儿童医院建成后，儿科现有床位改为50张，最多收治90张。配有医师19人（其中主任医师4人、副主任医师5人、主治医师6人）。分设急救、新生儿、血液、神经、肾脏、心血管及儿童保健等专业。

儿科现已建立一套比较完整的诊疗常规，而且许多疑难、危重病症都能及时得到诊断、抢救及治疗。儿科设有危重抢救室及新生儿危重病室，使危重病人的抢救成功率及治愈率大大提高，深受患儿家属的信赖。

学科带头人刘思赵主任医师主编正式出版的《实用儿科常见病诊疗手册》一书，荣获2000年度市政府科学进步三等奖，苏秀瑛主任医师等完成的“儿童急性白血病临床治疗系列研究”课题荣获2004年度市政府科技进步一等奖。目前我科还承担市科委资助的多个科研项目正在进行中。