浦南医院神经外科是上海市医学重点专科，设有上海市神经外科资深专家浦东会诊中心、浦东新区脑血管病快诊快治中心。病区床位42张，NICU12张，拥有立体定向仪、手术显微镜、专科手术床、神经内窥镜、第五代智能化神经导航系统、术中神经电生理监护、颅内压监护仪、超声吸引等先进医疗设备。主要开展脑血管疾病（如：破裂动脉瘤早期手术夹闭及弹簧圈介入治疗、脑梗塞的超早期溶栓或手术治疗、动静脉畸形显微手术等），脑脊髓肿瘤（如：导航下经鼻腔－蝶窦－垂体瘤切除术、内窥镜辅助及电生理监护下桥小脑角肿瘤显微手术等）的外科治疗及重症颅脑外伤的急救。
浦南医院神经外科人才完备，有主任医师3名，主治医师5名，医学博士3名，硕士3名；与国外8所医学高等院校实验室保持长期合作关系，聘请客座教授5位。承担市、区级科研项目十余项，与华山医院等合作完成的上海市重大攻关项目“脑卒中的外科治疗”获得2003年上海医学科技成果一等奖。“导航下微侵袭手术治疗高血压脑溢血”获2005年度上海医学科技三等奖。