南京医科大学第二附属医院全科医学科成立于2006年7月，2007年4月被评审批准为首批卫生部全科医师培养基地（卫毕教委发[2007]第3号文），2008年被认定为“江苏省第一批全科医师规范化培训基地”（苏卫科教[2008]16号文。2011年获国家和江苏省发改委拨款1100万，用于“全科医生临床培训基地项目”建设（苏发改投资发[2011]1192号文），同年被评为江苏省“全科医生省级示范培养基地”，获得江苏省卫生厅和财政厅补助资金800万元用于基地建设（苏卫规财[2011]210号、苏财社[2011]344号文）。2013年获财政部、国家卫生计生委全科医生规范化培养基地能力建设项目补助资金500万元用于器材及设备采购（财社[2013]236号文、苏卫规财[2014]26号和苏财社[2014]33号文）。经过9年多的发展，南医大二附院全科医学科以国家级全科医生规范化培训基地为依托，形成集门诊、病区、基地为一体的系统工程，医疗、培训、科研三位一体协同全面发展。
　　2013年起我院全科医学专业成为全省第一批招收全科医学专业学位研究生的硕士点，目前科室有高级职称人员3名；初级职称2名；已招收10名研究生，导师分别为南京医科大学副校长鲁翔教授、南京医科大学第二附属医院院长季国忠教授、南京医科大学第二附属医院全科医学科李云涛副教授。同时我院全科医学专业依托南京医科大学，实行“全科医生规范化培训”与“全科医学研究生培养”双向接轨，全科医学规范化培训学员经三年规范化培训后可直接申请全科医学专业硕士研究生学位。学科带头人南京医科大学第二附属医院院长季国忠教授作为“江苏省卫生高级职称评审委员会”全科医学专业组长、国家卫生计生委《住院医师规范化培训教材：全科医学》主编，享受“国务院特殊津贴”专家，在全省、全国具有广泛影响力，目前我院正在加快具有临床和科研特色的全科医学诊疗中心建设，以创建国家和江苏省全科医学重点学科为目标，快速发展我院全科医学特色学科。自2014年正式设立全科医疗病房以来，收治病种涉及神经内科、内分泌科、康复科、疼痛科、针灸科等。病房开放床位15张，已经形成符合全科医学特征的疾病种类。病人患病种属分为三类：⑴未分化疾病，即暂时没有专科归属的全身性疾患；⑵心身疾病，表现为没有明确疾病诊断的各种躯体不适感；⑶多种疾病并存的患者。全科医疗专家门诊担负心身疾病病人、亚健康状态“患者”的诊断和综合治疗方案的制订，合并有多种疾病的老年患者的综合治疗，以及出院病人的随访和治疗方案的调整。全科医疗普通门诊主要负责慢性疾病的综合治疗和与社区服务机构之间的“双向转诊”工作。
　　全科医学科还承担南京医科大学本科生、研究生教育、教学工作，社区全科医生的规范化培训及转岗培训工作。创建了一系列的培训方法，以全科医学理念培养学生“尊重人，看透人，接纳人，改变人”的人文情怀。以整体观念培养学生“小病善治，大病善辩，急病善转，慢病善管”的临床技能。通过⑴接触病人，赢得信任；⑵评估病人，诊断病情；⑶自我衡量，选择措施的工作方法，培养全科医师独立工作的能力。