南京医科大学第二附属医院肿瘤科成立于1993年8月，是南京地区较早开展肿瘤化疗的专业科室，经过十多年的迅速发展，目前已成为南京医科大学十一・五期间重点学科、江苏省重点临床专科（建设单位）、江苏省“科教兴卫工程”创新团队。承担南京医科大学五年制本科生、留学生、硕士生的教学工作。获得国家药物临床试验专业资格并参加了多个国内多中心药物临床试验。近三年以第一作者或通讯作者发表核心刊物论文三十余篇、SCI收录论文15篇、获得国家自然科学基金项目1项、省厅级项目8项、江苏省“科教兴卫工程”创新团队专项基金及江苏省医学重点人才基金各1项、市级及校级课题8个，全科科研经费共计880万（包括本院配套基金）。获得省卫生厅医学新技术引进奖一等奖1项，二等奖3项。参与编写教材3部、副主编专著1部。肿瘤科现有床位45张，医护人员35名，其中主任医师2名、教授1名、副主任医师、副教授5名、江苏省医学领军人才1名、江苏省医学重点人才1名、主治医师3名；硕士生导师2名；博士6名，硕士8名。
　　目前肿瘤科常规开展的工作:
　　1. 肿瘤个体化治疗：根据患者病情、肿瘤药敏试验、肿瘤基因表达谱，开展基因指导下的个体化治疗。
　　2. 癌症的手术后辅助化疗。
　　3. 肿瘤的分子靶向药物治疗：采用分子靶向药物如Iressa 、tarceva治疗肺癌；Avastin、C-225治疗肠癌；P53基因瘤内注射等。
　　4. 食道癌、头颈部肿瘤、肺癌等的同步放化疗。
　　5. 肝、肺、胰腺、纵隔肿块及肿大淋巴结的穿刺活检确诊。
　　6. 抗肿瘤中药治疗、免疫治疗。最佳支持治疗及镇痛治疗。
　　7. 恶性胸、腹腔积液的腹腔大容量灌注射频化疗。
　　8. 多种肿瘤尤其是肝癌的介入治疗、无水酒精瘤内注射。
　　9. 超声聚焦刀治疗胰腺癌、肝癌、前列腺癌等及子宫肌瘤等。
　　10．锁骨下静脉置管、PICC及其维护。