南京医科大学第二附属医院眼科作为重要的临床科室之一，科内具有多名在临床、教学和科研经验丰富、在省、市具有知名度的专家，其中主任医师4人，副主任医师4人，博士1人，硕士6人，每年除完成大量临床科研工作外，还承担儿科系和口腔系的教学、实习、留学生临床技能培养及进修生的培训工作，定期至下级医院指导工作。
　　眼科具有一系列先进眼科诊疗设备：美国威视S4-IR准分子激光治疗仪、美国威视波前相差仪、法国依视路全自动电脑磨片机，日本拓普康全自动电脑验光仪、非接触眼压仪、综合验光台、德国目乐进口显微镜、美国爱尔康超声乳化仪、美国博士伦晶体玻璃体视网膜显微手术系统、YAG激光、德国Polydiagnost泪道内窥镜、德国蔡司全自动视野机、瑞士900裂隙灯、眼科A/B超、眼底荧光造影及眼底照相系统、532眼底激光等。其中美国威视S4-IR准分子激光治疗仪及德国Polydiagnost泪道内窥镜是世界上最先进的医疗设备。
　　对各种眼病的治疗具有丰富的临床经验，医疗质量高，服务态度好，深受患者好评。目前开展：小切口无缝线白内障摘除及超声乳化术、各类各期青光眼的早期诊治和现代手术治疗、小儿眼病、屈光不正、斜视、弱视的诊治、斜视矫正术、泪道内窥镜下泪道激光、泪道植管术、泪囊鼻腔吻合术、各类眼外伤、泪小管断裂吻合术、玻璃体视网膜手术、视网膜脱离、眼眶肿瘤、眼部整形美容、角膜移植及近视眼激光等的诊治，其中近视眼准分子激光治疗、泪道内窥镜下泪道各类手术在省内外处于领先地位。
　　眼科每年参加各类国内外眼科学术交流活动，并发表多篇医学论文。目前拥有科研项目3项。眼科通过科研和技术交流、临床积累，不断对眼科常见疾病和眼科顽疾等尖端领域进行研究挑战。通过不断引进国际最先进设备、技术及管理模式，为广大患者提供全面和高质量的眼科医疗服务，始终致力于改善人们的视觉质量。