南京医科大学第二附属医院儿童医院是一所集小儿内科，小儿外科，小儿眼科，小儿耳鼻咽喉科、小儿口腔科、小儿皮肤科及儿童保健科为一体的专科儿童医院，是南京医科大学儿科学教学基地,儿科学硕士、博士授予点，拥有雄厚的临床、科研、教学实力。
　　儿童医院儿内科为江苏省第一批重点学科，江苏省重点临床专科,设有肾脏、新生儿、内分泌、消化、呼吸、血液、心脏、神经、风湿免疫、儿童保健等10个专科，其中肾脏专科、新生儿专科、内分泌专科、消化专科的诊治技术均达国内先进水平。小儿肾脏专科亦为省卫生厅重点临床专科。
　　儿童医院拥有一批省内外著名的儿科老专家、老教授，同时还拥有一批留法、留美、留日的中青年学科带头人。儿内科共有医护人员140名，其中高级职称17人、博士学位5人、硕士学位22人。研究生导师5人。中心还聘请了意大利和加拿大著名儿科医学专家为客座教授和顾问。
　　儿内科有多位专家担任国家级、省级及市级的学术职务：中华医学会儿科分会内分泌代谢学组委员1名（于宝生）；江苏省医学会儿科分会副主任委员1名（甘卫华），江苏省医学会围产分会委员1名（焦泽霖），江苏省医学会儿科分会学组委员8名（甘卫华，于宝生，朱永生，郑大同，薛娟，诸葛留珍，黄杰，盛伟松）；江苏省中西医结合学会儿科分会委员1名（朱永生）；南京市医学会儿科分会副主委1名（甘卫华），南京市医学会围产分会副主委1名（焦泽霖）。江苏省医院管理协会儿童医院分会委员1名(甘卫华)。
有数位专家担任着《中华儿科杂志》、《中国实用儿科杂志》、《临床儿科杂志》、《中国当代儿科杂志》、《国外医学―儿科分册》等杂志的编委。8位专家为江苏省医疗事故鉴定专家库成员；10位专家为南京市医疗事故鉴定专家库成员；1位为江苏省病残儿鉴定专家库委员（甘卫华）；1位为江苏省食品与药物监督管理局专家库成员（甘卫华）。
　　儿童医院拥有独立的门急诊大楼；急诊24小时开放；每天开设普通门诊及普通专家门诊（包括周末、节假日），周一到周五开设高级专家门诊。病房楼已开设5个儿内科病区、180张床位；病区的床位设置分高、中、低档，可满足不同消费群体的需求。拥有现代化PICU和NICU设备。儿童医院的医疗水平、护理质量、就医环境和服务流程均达到国内先进水平。
　　过去的三年（2008年～2011年），南医大二附院儿内科的医教研工作取得了令人瞩目的成绩，科室规模由三年前的36张病床，150人次门诊量、30位医护人员，发展到今天180张床位、580人次门急诊量以及150位工作人员，床位增加了5倍，门急诊人次增加5倍，业务收入增长6倍。从3年前的“儿内科”发展为“儿童医学中心”，1年前由南京市卫生局挂牌为“南医大儿童医院”。
　　作为领头科室已协助医院于2009年创建基本现代化三级甲等医院成功。又于2010年作为领头科室协助医院申报成功临床药理机构，2011年小儿肾脏病专业成为国家临床药理实验机构。
　　三年里积极接受卫生部、卫生厅医疗任务，在突发公共卫生事件的防治工作中作出了突出贡献。2008年5月赴安徽阜宁指导手足口病治疗（半月2位陈彩霞副主任医师、王艳护师）;2008年6月盛伟松副主任医师赴圭亚那援外医疗队（2年）；2008年10月~12月三聚氰胺奶粉事件中，儿内科门诊筛查3000多例，住院治疗200多例，甘卫华主任医师（作为卫生部及江苏省泌尿道结石专家组成员）3次赴苏北地区（盐城地区、连云港地区、南通地区）督查指导三聚氰胺所致泌尿道结石的诊治工作。2009年1月儿内科圆满完成了徐州地区转诊的20例铅中毒病儿的救治工作；2009年4月~8月8位主任及副主任医师和8位护士赴宿迁地区现场指导“手足口病”重症患儿救治（每人半月），甘卫华主任担任宿迁地区手足口病患儿救治工作的总指挥。2010年8月16日~18日李少冬处长带队，甘卫华主任和南京市儿童医院俞文亮主任赴徐州儿童医院检查指导“手足口病”重症患儿救治工作。
　　儿内科分为10个亚专科，其中小儿肾科、小儿内分泌专科、小儿呼吸专科及新生儿科为特色专科。
　　小儿肾脏病专科为江苏省卫生厅重点临床专科，医院重点临床学科。在国内最先开展小儿肾活检，成为国内儿科界极少数能全套开展小儿肾活检病理检查及病理诊断技术的单位，至今已安全开展上千例肾活检手术。对小儿难治性肾病、紫癜性肾炎、乙肝病毒性相关性肾炎、血尿等各种急慢性肾脏疾病的诊治积累了丰富的经验，诊治水平国内领先。2010年成为卫生部临床药理机构。
　　小儿内分泌专科对小儿生长激素缺乏性矮小症、性早熟、甲状腺疾病、先天性卵巢发育不全症、肥胖症等疾病的诊断与治疗居省内外领先水平。
　　新生儿专科为医院特色临床专科，对新生儿窒息的抢救和极低体重儿的救治水平居省内领先。重点开展新生儿缺氧缺血性脑病研治，对早产儿和低体重儿建立了一整套的治疗方案，进行早期治疗，减少了后遗症，降低了死亡率。迄今为止，已成功救治数十例体重在1000克以下的新生儿，成为南京地区新生儿救治的中心之一。
　　小儿呼吸专科擅长小儿重症呼吸道感染、反复呼吸道感染、支气管哮喘、哮喘持续状态等疾病的治疗，开展了全套呼吸道感染病原检查（细菌培养、病毒分离、支原体抗体等）；哮喘专科门诊开展了过敏原检测、脱敏治疗、肺功能检查，推行GINA方案治疗哮喘。
小儿感染神经专科擅长小儿重症感染、感染性休克、各型脑炎脑膜炎、脊髓炎、癫痫等；尤其对耐药金黄色葡萄球菌感染患儿治疗水平省内领先；
　　小儿消化专科在省内率先开展小儿内窥镜检查，至今已安全进行千余例小儿纤维结肠镜检查；对小儿上、下消化道出血、肠息肉、消化性溃疡尤其是小儿消化道息肉的诊断治疗居省内领先水平；对小儿厌食、再发性腹痛，迁延、慢性腹泻病的诊治亦有丰富的经验和独特的手段。
　　小儿心血管专科擅长小儿心血管超声检查，对小儿顽固性心律失常、心肌炎等治疗方法独特；对复杂性先天性心脏病的诊断省内领先，尤其是采用经食道调博治疗心律失常国内领先。
　　小儿血液肿瘤专科对小儿白血病、难治性血小板减少性紫癜、急性重型再生障碍性贫血、组织细胞增生症等采用先进方法治疗取得显著效果，至今已有数十例白血病患儿被治愈；对小儿实体肿瘤的治疗经验丰富。省内具有较高知名度。
　　儿童保健专科开展的儿童保健咨询门诊、儿童智力检测、婴幼儿的早期干预、儿童弱视诊治，脑瘫康复治疗等均居省内外领先水平。