中山大学第二附属医院小儿外科是一个专门为患有先天性畸形和肿瘤等疾病的婴幼儿和儿童实施外科手术治疗的专科, 主要从事小儿普外、小儿泌尿、新生儿外科等方面的临床和科研工作。该专科技术力量雄厚，现由著名的小儿外科专家、华南地区小儿外科学界首位国家自然科学基金获得者邓小耿教授主持工作。在小儿消化系和泌尿系先天性畸形及各种良、恶性肿瘤等疾病的治疗中积累了丰富的经验, 开展了儿童胰-十二指肠切除术、儿童腹膜后巨大肿瘤切除加阑尾代输尿管重建术、复杂尿道下裂I期矫形加尿道重建术、小儿活体肝移植术等高难度手术，对小儿血液病的脾切除技术等亦有较深入研究。在广州市率先开展了小儿腹腔镜辅助下先天性巨结肠根治术和腹腔镜小儿疝囊高位结扎术等微创外科新技术并取得了良好疗效。在国内外权威学术期刊发表论文数十篇, 其中被SCI收录论文2篇。承担了“胚胎干细胞中肝干细胞的筛选及在治疗性肝再生中的应用”等多项国家级、省部级科研攻关项目。