康复医学科组建于1998年，属于专科医院中的专科康复，是省内建立最早和规模最大的神经专科康复机构。
　　科室现拥有50张床位的住院部，围绕“功能训练、全面康复、重返社会”的康复原则和目标，下设相应多个项目齐全的康复评定、训练及治疗室，服务对象是神经系统疾病和损伤导致的瘫痪、感觉障碍、语言-言语交流障碍、摄食-吞咽障碍、认知障碍等各种功能障碍。临床上重点采用康复评定、物理治疗、运动治疗、作业治疗、言语治疗、吞咽治疗、认知治疗、康复心理、康复护理、康复工程、文体治疗、社会服务等方法、方式进行康复训练与服务。以脑卒中所致偏瘫为例，从早期良肢位到后期行走训练等均由医生进行指导、康复治疗师训练、康复护理协助监督，使科室内偏瘫患者经规范化康复治疗后，近90％的病员可恢复行走。
　　科室还专门设有社会服务室，面向出院和社区病残者，建立康复档案，积极开展康复训练与康复预防服务，定期集中开展讲座、咨询等活动，并与省、市残联密切合作，负责南京市十三个区县的具体康复训练与服务的技术指导和工作人员的业务等培训工作。同时，科室还是浙江省宁波职业技术学院、江苏盐城和泰州职业技术学院、南京职工医科大学、南京卫校等康复治疗专业的见习和实习基地，江苏省康复治疗师规范化培训基地，每年接受进修和实习的医、护、技人员30余人。
　　目前科室住院部80%的住院患者都是外院或外地患者，神经康复的一些专科技术在临床上也取得突破性创新和运用。例如，吞咽障碍的动态介入式诊疗康复技术还拥有国家专利，并获得江苏省科技厅临床医学科技专项--新型临床诊疗技术攻关项目的立项，借此，也受邀参加北京、重庆、郑州等外省市的康复会议或培训班，进行相关专题讲座和技术推广。