呼吸内科创建于1954年，1994年成立了“南京呼吸病研究所”，是江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科、江苏省“135工程”医学重点学科合作单位、卫生部呼吸内科专科医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构、江苏省呼吸内科进修基地。

　　编制床位47张，现有医护人员31人，其中主任医师3人，副主任医师3人，主治医师4人，博士2人，硕士10人。专科内设肺功能室、支气管镜室、多导睡眠图室、呼吸重症监护室（RCU）、呼吸病实验室。拥有电子支气管镜、电子胸腔镜、肺功能仪、多导睡眠监测系统、呼吸机等先进医疗设备。
为南京大学医学院硕士生学位授予点，多次组织举办国家级继续医学教育“弥漫性间质性肺病诊治进展”学习班，获国家自然资金项目2项，省市科技成果奖8项。尤其是在肺间质疾病的基础和临床研究方面，处于国内领先地位.