肛肠科为宁化县医院特色科室，它是以中医学为理论指导，以中医外科学为操作基础，以中西医结合为治疗特色的诊疗科室。肛肠科成立至今，稳居宁化同行的领先地位，其疗效影响已辐射至周边各县区。肛肠科在中西医结合治疗内痔、外痔、混合痔、肛瘘、肛裂、肛周脓肿、肛门湿疹、肛门狭窄、直肠脱垂、便秘、炎症性肠病及肛门直肠肿瘤等多个病种上均有自己专业系统的治疗方案，其中在环状痔、高位复杂肛瘘、顽固性便秘方面有独到疗效。特别是2011年始，在宁化率先开展痔疮微创无痛技术――PPH术，成功治愈重度痔疮上千例。科室还拟开展最新的微创术――TST术（选择性痔上粘膜切除吻合术），以便更科学、规范、有效地治疗重度痔疮等疑难杂症。