南方医院输血科前身为第一军医大学南方医院采供血站，2004年8月随大学整体转制后，输血科工作全面转为集储供血、输血检验、输血治疗及教学科研多种职能为一体的科室。输血质量与安全管理在全省处先进水平，受到省市和医院表扬。科室连续六年安全达标和评为先进单位，实现零投诉，得到医院充分肯定。输血科现为中国输血协会会员单位、中国输血杂志副主编单位、广东省医学会临床输血学分会副主委单位、广东省肝病学会实验诊断分会委员单位。

科室现有技术人员10人，其中正高职称1名，副高职称1名，中级职称1名，初级职称7名。输血科现设有配血室、储血室、血液处理室、发血室、输血治疗室、输血研究室、消毒室等，占地400平方米。主要仪器设备包括：储血冰箱9台、标本冰箱1台、试剂冰箱3台、血小板振荡仪1台、冰冻血浆解冻箱1台、血液加温仪1台、戴安娜全自动血型配血仪1台、冷链温控系统1台、大型低温离心机2台、标本离心机1台、血库型专用离心机2台、显微镜2台、热和机2台、全自动血细胞分离机1台。

输血科开展的主要业务有临床供血：24小时提供全院临床手术、治疗及抢救用血，建立绿色通道用血，完善血液应急预案。供应临床的血液成分有：红细胞悬液、去白细胞红细胞、洗涤红细胞、机采血小板、手工分浓缩血小板、冰冻血浆、冷沉淀、稀有血液制品等。输血科自2000年以来，积极推行成分输血，现在医院成分输血率为99.8%，达到国内先进水平。同时参与全院临床科室的疑难病例讨论及输血病例的临床会诊，指导和监督临床科学合理用血。开展的血型血清学实验包括输血相容性检测(微柱凝胶法ABO正反定型、RH(D)血型测定、交叉配血、抗体筛选试验);疑难血型鉴定、疑难配血;新生儿溶血病产前筛查;新生儿溶血病实验诊断及换血治疗;coombs’试验及血型抗体效价测定。治疗性输血技术包括白细胞滤除技术、自身输血。

输血科主要研究方向：包括安全输血与血液免疫学研究，新生儿溶血病实验诊断方法应用研究等。科室承担了外科输血课堂教学以及进修生、实习生、培训医师的教学工作，举办了多期国家级输血医学新技术、新进展学习班。近年来，科研工作取得了很大进步，科室技术人员在国家级核心医学期刊杂志上发表文章20多篇，并有国家及省级科研课题3项、院级课题2项、医院医疗成果二等奖、三等奖各1项。