南方医院肿瘤中心是华南地区重要的肿瘤诊疗、科研和教学基地，是广东省肿瘤学重点学科和国家抗癌药物临床试验机构（GCP中心）。肿瘤中心设有四个病区（一区床位55张，二区（层流及微创）床位45张、三区（门诊日间化疗病房）22张和四区（惠侨楼高级病区）床位25张），三个专科中心（生物治疗研究中心、聚能刀治疗（RFA）中心和光动力治疗（PDT）中心）和一个校级重点实验室（南方医科大学临床生物技术重点实验室），同时又是南方医科大学肿瘤研究所的重要组成部分。肿瘤中心拥有医护技各类专业技术人员66名，其中客座教授8名，院士1名，教授/主任医师5名，副教授/副主任医师10名，副研究员1名，副主任护师1名，主治医师7名，博士后4名，博士8名，硕士12名，现为肿瘤学博士和硕士学位授权点和博士后流动站。