南昌大学第二附属医院中医科（原江西医学院第二附属医院中医科）建科于1950年，六十余年来，科室从无到有、从小到大，从弱到强，现已成为该院的特色科室，并于2013年荣获全国综合医院中医药工作示范单位。目前为中西医结合硕士学位授予点。
　　六十余年前，以姚荷生、张海峰教授为代表的老一代中医学者，在江西中医实验院的框架下，成立了中医科，分设中医内科、中医外科、针灸等专业组，开始分病床、分专科收治病人，于1959年因江西省卫生厅恢复江西省中医院，原中医实验院医护人员大部分调回，故仅剩下张海峰、徐克明、杨伯鱼等少数几名中医科医生，保留门诊，床位取消，于1972年恢复中医病房。但这标志着一个新兴科室的诞生，一个充满活力的中医科的开始。1990年12月经卫生部、人事部、中医药管理局批准，张志钧、龚子夫为全国首批500名老中医药专家指导老师，曹正柳、温扬智等为全国首批名老中医学术思想继承人，并于1994年3月顺利通过卫生部、省卫生厅组织的论文答辩及考试考核，全部合格。2009年12月至2010年11月该科谢庆斌医师以全球首位中医医师的身份承担我国南极科学考察长城站保健医师任务，首创中华中医药在地球极地的开展与应用。如今的中医科已发展成在肿瘤、风湿免疫、消化、肾病等方面有治疗特色的综合性科室。
　　中医科梯队结构合理，人才优势显著。全科医生11人，其中硕士生导师3人。正高职称5人、副高职称1人；主治医师3人，住院医师3人，科室的主体是中青年技术骨干，学历层较高，博士2人，硕士5人，江西省名中医2人；三级岗位教授4人。
　　该科技术力量雄厚，以老带中青年为主的传统教学模式，采用中医、中西医结合的方法辨证与辨病相结合，对临床常见病、多发病诊治取得了良好疗效，对疑难病证亦取得了满意效果，做到了携中医之所长，继承和发扬祖国医学的优势，深受患者的欢迎。
　　现有特色诊疗项目主要有：肿瘤放化疗或术后的康复、姑息疗法；风湿免疫性疾病诊断及治疗；消化性溃疡、肝病、肾病；穴位注射治疗慢性支气管炎、肺气肿、失眠；针灸减肥、中风后遗症、肩周炎、腰腿痛、坐骨神经痛、面瘫、颈椎及腰椎骨质增生、腰椎间盘突出症等。
　　1、肿瘤的诊疗：各种肿瘤放、化疗中医辅助治疗或肿瘤术后的康复，以及晚期肿瘤的姑息疗法等。
　　2、风湿免疫性疾病的诊疗：包括类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、强直性脊柱炎、干燥综合征、反应性关节炎、银屑病关节炎、多发性肌炎/皮肌炎、系统性硬化症、系统性血管炎、自身免疫性肺间质纤维化、骨关节炎、痛风性关节炎、自身免疫病相关性肺动脉高压等各种风湿免疫病的诊断及治疗。
　　3、各种疾病的穴位治疗：穴位注射或穴位敷贴治疗慢性支气管炎、肺气肿、失眠等。
　　4、各种疾病的针灸治疗：包括减肥、中风后遗症、肩周炎、腰腿痛、坐骨神经痛、面瘫、颈椎及腰椎骨质增生、腰椎间盘突出症等。
　　5、消化系统疾病诊治：消化性溃疡、肝病。
　　6、肾病诊治：急慢性肾炎、肾病综合征、紫癜性肾炎、狼疮性肾炎等。