协和医院儿科发挥综合医院多科协作的整体优势，在疑难病诊治方面在国内儿科系统享有盛誉；肾脏病、自身免疫性疾病的诊治方面有突出特点；新生儿专业实力雄厚，依托协和医院围产中心，在危重新生儿的急救与转运、早产儿尤其极低出生体重儿的管理与随访方面居领先地位；与医科院基础所遗传室和协和医院妇产科合作组建的遗传中心，能为多种遗传病做产前基因诊断与咨询；其它如消化、呼吸、血液专业等均有迅速发展；PICU与心胸外科、神经外科、骨科等科室合作，负责手术患儿的监护与治疗；在国内较早开展高危儿的系统管理与早期干预，积累了丰富的早教经验并在不断完善，使协和医院儿科真正成为为提供全方位医疗服务的综合性儿科。