医院核定床位12O张，各类专业科室齐全，设有内科、外科、小儿科、皮肤科、耳鼻咽喉科、妇科、口腔科、眼科、麻醉科、中医科、中医伤科、病理科、医学检验科、医学影像科、预防保健科等科室，并开设了心血管、消化等多个专科门诊。医院三层结构的门诊大楼和七层住院大楼提供了宽敞、明亮、整洁、舒适的住院环境。医院拥有一批国内外先进医疗仪器，为病人医疗保健和提高医疗质量奠定了良好的物质基础。

随着当前医疗体制的深化改革，给医院的发展带来了前所未有的机遇和挑战，面对激烈的医疗市场竞争，医院采取“以医疗为龙头，以疗休养，体检为两翼”的发展战略并以市场需求为导向，以现有资源为基础，充分发挥航空体检品牌优势，开发体检市场并依托行业与地域优势，开发空勤人员疗养市场，采取多种经营方式，精选经营项目。在医疗上突出重点，进一步发挥民用航空上海医院特色，集航空医疗、体检、疗养、科研为一体，积极引进外部机制，通过与大医院合作办联合病房和利用大医院技术力量开设特色的大专科，逐渐形成具有尖端医疗、航空特色的精品医院。