该院血液净化中心是结合门诊―病房―血液净化为一体的肾脏病医疗中心。该中心针对肾小球疾病、肾小管间质疾病、肾血管性疾病、感染性肾脏病或可能累及肾脏的疾病（如高血压、糖尿病、系统性红斑狼疮、干燥综合征等）等不同类型的肾脏疾病积极开展以“三级防治”为主的医疗业务，对各类肾脏病确定早期预防和延缓病情发展的基本对策。
　　在开展肾脏科业务的同时，该科还利用现有设备开展新技术、新项目参与急诊的抢救治疗，至今血液灌流、透析串联灌流等新技术已成功抢救了数十例药物（安眠药、酒精、农药）、毒物（草乌、蛇毒）重度中毒等危重疾病，填补了衢州市这一领域的多项空白。其中《中药草乌急性重度中毒的血液灌流治疗》被列入2003年度“浙江省中医药科研基金资助A类课题”。该科于2003年被确认为“浙江省重点建设专科”，为全省县级综合性医院唯一的省级重点建设专科，科主任徐洪波被评为“衢州市卫生系统学科带头人”。
　　该中心于1994年采用百特“0”型管路在全市率先施行腹膜透析，并于1998年又开展血液透析治疗，至今已开展了血液透析、血液灌流、血液透析滤过等技术。
　　目前，该中心口血液透析机器增加至23台，其中金宝透析机7台（双泵机1台、单泵机6台），贝朗9台（双泵机5台、单泵机4台），费森尤斯7台，年透析人次超过5000人次。