广州军区血液中心寓于广州军区广州总医院，院内编制为输血科，前身是1950年成立的血库，曾分别隶属于手术室、医务处、检验科和麻醉科。1997年11月建立输血科，2001年7月通过全军采供血机构检查验收正式成立广州军区血液中心。经过半个多世纪的血库建设和8年的血液中心建设，中心得到了快速发展，先后被评为全军临床用血先进单位和全军先进采供血机构，2008年参加军队纪念《献血法》实施十周年知识竞赛，获组织奖。血液中心由简单的血库发展成为集采医、教、研为一体的综合性科室。

中心下设配发血、体采、成分、检验和质量控制五个专业工作室。中心使用面积1300余平方米，拥有价值近900万元先进医疗设备，包括瑞士哈米顿公司生产的全自动酶联免疫分析仪、全自动生化分析仪、血细胞分离机(2台)、采血车(3台)、大容量低温离心机(4台)、血浆速冻机、荧光倒置相差显微镜、PCR扩增仪和野战运血车等先进设备和装备。担负血液采集、检验、成分制备、配发血、移植配型、干细胞采集、血小板单采、血液储备、输血前检查、输血治疗和军区血站技术人员培训等任务。实现三个近100%，即自采自供率近100%，临床成分输血率近100%，红细胞制品的白细胞去除率近100%。2006年与中华骨髓库广东管理中心建立了广州市唯一的外周血干细胞捐献者血液样品采集点，并负责省内外周血干细胞捐献者的干细胞采集。

中心非常重视全程质量管理，2004年独立通过了ISO9001：2000血站质量管理体系认证，2007年又建立血液中心QMP质量管理体系。积极开展输血科研，2003年和2005年分别获军队和广东省重点课题各1项，2007年获广东省科技进步2等奖1项，在全国核心期刊发表学术论文20余篇，参与3部专著编写。科室全面建设取得了可喜的成绩，2002～2004年连续3年被医院评为基层建设先进科室，2004年同时被医院评为全面建设标兵科室，2005年被军区联勤部评为“三学”标兵单位。