昆明医学院第二附属医院眼科自1972年成立，为云南省重点专科，设有云南省中心眼库。现常规开展角膜移植术、白内障超声乳化术伴人工晶体植入术、青光眼小梁切除术、玻璃体切割术、外路及内路视网膜复位术、各种复杂斜视矫正术、各种眼科整形手术、开放及微创泪道手术、各种眼外伤等的手术治疗，并均处于省内一流水平，其中尤以角膜移植和复杂斜视矫正享誉全省。近年来，又成功开展人工角膜移植术。
　　科室配备有：进口裂隙灯、检眼镜，眼科A-B超、电脑验光仪、同视机、视野计，电生理仪、拓普康非接触式眼压计、拓普康眼底荧光造影仪、多功能眼底激光机、美国爱尔康U2超声乳化仪、博士伦玻璃体切割仪等。
　　该科为卫生部“百万白内障复明工程”定点医院，“复明七号”手术车每年到偏远山区为将近1000余位贫困白内障患者免费实施白内障手术。
　　眼科人才梯队建设合理，现有医护人员共22人，其中主任医师4人、主治医师4人、住院医师4人，均为本科及以上学历，其中硕士学历4人；眼科根据工作特点，开展了以两个责任护理小组包干制的整体护理服务，推行“4S”管理体系，为眼科病人提供优质的护理服务。
　　眼科作为教学实习医院，培养了一批业务素质高、动手能力强的教师队伍：具有高级职称教师4人，中级职称教师2人，初级职称教师4人，具有硕士学位的4人，硕士研究生导师2人，学院骨干教师5人。
　　眼科学是一门实践学科，专业创办之初到现在教学工作的重点一直放在培养学生的动手能力，加强临床技能的培养和实践上，学生毕业后到单位能够很快适应临床检验的要求胜任工作，目前不少同学已成为医院眼科的业务骨干，在质量控制和引进开展新技术等方面做出了积极贡献。
　　在科研方面，通过一系列科学研究活动，了解国内外动态，追踪本学科的前沿信息, 吸收新知识，开展科研工作，启发培养学生发现问题解决,使学生了解基本的论文写作方法和科学思维方式，自 2001年批准专业为眼科学硕士学位授予点，至2012年止总共培养硕士研究生35人。
　　昆明医科大学第二附属医院眼科二病区成立于2007年7月，科室由原眼科分出，病区设在昆明市安康路180号云南省残疾人康复中心大楼11楼，是一个以眼科晶状体疾病诊疗技术为特色，集医疗、教学、科研和专业人才培养为一体的新兴学科。科室设有开放床位15余张，年门诊人数近千人，有医护人员20余人，其中硕士研究生导师1人，副教授2人、主治医师3人、住院医师4人，主管护师2人。所担任的学术职务有云南省眼科学会常委。荣获云南卫生科技三等奖一项。为省内各级医院培养了一大批眼科专业骨干，为推动我国眼科诊疗技术的进步和发展做出了重要的贡献。
　　学科始终秉承敢为人先和患者至上的创业理念，始终把提高医疗质量和改进医疗服务作为永恒追求的目标，在确保医疗安全的前提下，积极引进国内外的先进技术和设备，不断开展各种眼科新技术，走出一条以晶状体手术为特色，眼底，青光眼，眼底等眼科疾病诊疗水平不断发展之路。以显微手术治疗白内障，角膜疾病，青光眼，眼底病，眼眶疾病及内科治疗眼表疾病，眼底等疾病特别是复杂白内障手术、屈光性白内障手术、防盲白内障手术为特色的科室。5年来不断探索适合我省省情的防盲白内障手术方式及质量管理模式，培训手术医师20余名，完成防盲白内障手术14000余例。在晶状体治疗方面开展了微切口超声乳化手术联合多焦点人工晶状体植入手术，晶状体不全脱位白内障手术的综合处理，侧切口劈核的小切口白内障手术，张力环悬吊治疗两个象限以上晶体脱位的手术。建立了复杂白内障临床手术安全性控制机制，人工晶体个性化选择及视觉质量评价机制，规范化防盲白内障手术质量安全控制及培训基地。为减少全省白内障的发生和复发起到了重要的作用。