泌尿外科包括三个病区。
　　泌尿外科于1979年由徐鸿毅教授主持成立并担任科主任，石永福教授任副主任。1999年徐鸿毅教授退休，石永福教授任科主任。2001年王剑松教授从美国留学回来后继任科主任至今。由于泌尿外科实力不断壮大，为了满足发展需要，2001年原泌尿外科分出微创泌尿外科(现为泌尿外科三病区)，2002年又从原泌尿外科分出泌尿肾脏病中心(现为泌尿外科二病区)，发展成为现在的泌尿外科三个病区。
　　泌尿外科1996年被云南省政府授予为省级重点临床专科，2006年成为昆明医科大学博士学位授予点。2003年成立云南省泌尿外科研究室，2008年升为云南省泌尿外科研究所，同年，被省政府评选为云南省泌尿外科疾病诊疗和基础研究创新团队， 2009年与医院其他泌尿外科病区共同成立了由省政府批准的昆明医科大学第二附属医院泌尿外科医院。同年，整个泌尿外科团队获得了云南省“五一劳模团队”光荣称号，是云南省历史上医疗团队首次获此殊荣。2012年8月，整个泌尿外科团队被卫生部授予为国家临床重点专科。
　　该科现有在职医师12人，科室指导教授2人，护理人员24人。有病床54张，出院病人数1800例/年，手术量1600台次/年，其中慕名而来和从省内外其他医院转院而来的复杂疑难病例占70%，实施微创手术占80%，根治性膀胱全切+回(结)肠新膀胱术逾100台/年。
　　泌尿外科二病区在原来泌尿外科基础上，于2003年分开成立，冠名为泌尿肾脏病学中心，由泌尿外科、肾脏内科和血液净化室组成。2005年4月泌肾外科病区与肾脏病区和血液净化室分开，称为“泌肾外科”。2012年12月24日搬至新大楼11楼C区，现正名为泌尿外科二病区。至今拥有医师15人，教授2人，副教授4人，主治医师3人，住院医师4人；博士学位3人，硕士学位3人，学士学位7人；硕士研究生导师4人。
　　该院泌尿外科是云南省重点临床专科、博士学位及硕士学位授予点。2003年成立云南省泌尿外科研究室，2008年成立云南省泌尿外科研究所、2008年省级科技创新团队；2012年卫生部全国重点临床专科。泌尿外科疾病的诊疗处于省内领先、国内先进。承担过国家及省部级课题十余项，涵盖男性不育、肾移植、前列腺癌、神经源性膀胱、女性盆底功能障碍等常见、多发病，目前在研项目近十项。至今,全科在国内外各级刊物上共发表论文近百篇,并有论文被国际权威刊物科学引文索引（SCI）收录；学术交流论文三百余篇，获省部级科技进步奖10次。
　　建科以来,该科还负责承担着昆明医科大学的授课及临床教学任务, 自2003年以来，该科培养硕士研究生15人；先后为全省各地州市培养泌尿专业人才百余名；还定期到全省各地州举办泌尿专业技术培训班,选派人员指导各地州医院开展新技术、新手术；派人到国内外进修、学习、合作科研： 2012年成功举办国家级医学继续教育项目“女性及小儿泌尿外科新技术学习班”，并多次在全国及省内泌尿外科学会上进行学术交流。
　　该科在省内率先开展了输尿管镜检术(URS)、经皮肾镜碎石取石术(PCN)、等离子前列腺电切术(TUPKVP)、B超引导下的肾囊肿穿刺等新技术、体外冲击波碎石(ESWL)、经尿道输尿管气囊扩张术治疗输尿管狭窄、肾移植术、PTA经皮腔内血管成形术、回肠新膀胱术、复杂性尿道狭窄重建术、经阴道尿道中段悬吊术（TVT-O,TVT-S）及前盆、全盆盆底重建术等，近年来先后开展了经腹及经后腹膜途径行腹腔镜肾囊肿切除术、输尿管切开取石术、肾盂离断成形术、肾上腺肿瘤切除术、根治性肾切除术、保留肾单位肾部分切除术、前列腺癌根治术、盆淋巴清扫、膀胱全切肠新膀胱术及全腔镜肾输尿管全切、单孔腹腔镜行精索静脉曲张术等各类泌尿外科疾病的腹腔镜手术以及拓展了腔镜技术在小儿泌尿外科的应用，使得以往病人难以接受的大切口、术后恢复慢的手术变成了痛苦小、创伤小、恢复快的微创治疗。
　　昆明医科大学第二附属医院泌尿外科三病区即云南省微创泌尿外科中心始建于2001年，是一个以微创泌尿外科诊疗技术为特色，集医疗、教学、科研为一体的新兴学科。科室设有开放床位51余张、有医护人员40余人，其中硕士研究生导师3人、教授4人、副教授3人。学科成员担任中华医学会泌尿外科学会全国委员、中国泌尿外科结石学科学会西南微创泌尿外科技术培训中心及西南尿路结石防治基地常务副主任和七个国家级泌尿外科专业期刊的编委和常务编委。
　　学科始终秉承敢为人先的创业理念和患者至上的服务理念，积极开展新技术、新业务，走出了一条以微创泌尿外科手术为特色的学科发展之路。在国内和西南地区率先或较早开展了体外冲击波碎石、输尿管镜和肾盂输尿管软镜激光碎石、经皮肾镜激光碎石、经尿道前列腺及膀胱肿瘤切除、腹腔镜泌尿肿瘤根治性切除、腹腔镜尿路重建术等一系列微创泌尿外科手术。安全完成了近万例经皮肾镜取石术，最先在国内启动了泌尿系结石的预防研究工作，创新性开展的腹腔镜根治性膀胱肿瘤切除及原位尿流改道手术，减少了术中出血和并发症。经过十余年的不懈努力，学科在微创泌尿外科手术方面已步入了国内领先行列，在泌尿系结石防治领域成为国内重要领先团队。
　　学科2009年荣获云南省五一劳动奖状，2011年荣获中华泌尿外科分会钻石奖，云南省科技创新团队，2012年荣获国家临床重点专科建设项目，先后荣获云南省科技进步一等奖、江苏省科技进步一等奖、中华医学科技二等奖+三项科技进步奖。