昆明医科大学第二附属医院呼吸内科始建于上世纪90年代，长期从事呼吸系统疾病临床、科研和教学任务。目前该科开放住院床位45张，设有抢救室、内窥镜室、肺功能检查室，为呼吸专业的药物临床基地。拥有医护人员37名，其中主任医师6名，硕士研究生导师5名，副主任医师5名，主治医师及住院医师6名。科室成员所担任的学术职务主要有中华医学会云南分会呼吸病学会副主任委员、卫生部公共卫生突发应急事件应急专家库成员、中国医师协会云南省分会呼吸专业副主任委员、中国医师协会呼吸分会全国委员、中国病理生理学会低氧和呼吸分会全国委员、云南省高级专业技术职称评定专家库成员、昆明市医疗事故鉴定委员会专家库成员、Chest中文版执行编委等。
呼吸科在长期的临床诊疗实践中创立了自己的特色，诊治大量的慢性气道疾病、支气管哮喘、肺部感染、肺心病、睡眠呼吸障碍疾病、肺间质疾病、肺结核及其他肺部及胸腔疾病等患者。在COPD的防治、支气管镜的介入诊治、机械通气及呼吸系统危重症的监护和治疗、睡眠呼吸障碍疾病的诊治方面形成了自己的特色。同时紧密结合临床，围绕哮喘、COPD、肺栓塞、肺纤维化等疾病的基础发病机制与临床防治等开展了大量的临床、教学和科研工作，并取得了明显的成绩。
　　目前承担国家自然基金、云南省自然基金、云南省科技厅、云南省慢性阻塞性肺疾病研究室专科基金及云南省教育厅重点项目等科研项目共计10余项。先后荣获云南省科技进步三等奖4项，并在国内外学术期刊上发表学术论文200多篇，其中4篇被SCI收录。2001年开始招收硕士研究生，已毕业研究生20余名，在读硕士研究生10名。该科为云南省专科规范化培训基地，为省内外各级医院培养了一大批呼吸内科的专业人才，为推动云南省的呼吸病学的进步和发展做出了重要的贡献。今后该科将力争发展成为面向全省及西南地区，在呼吸疾病预防、诊断、治疗方面有较大规模及影响力的诊疗中心。