肿瘤化疗中心分为内一科、内二科、内三科，内一科科室额定床位数55张。现有医务人员21人，其中主任医师双跃荣、叶大茜、陈建祥；副主任医师吴耀华。主要负责淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病、血液疾病的内科诊治与研究，每年收治淋巴瘤800人次、白血病150人次、多发性骨髓瘤100人次。在采用化学药物治疗、生物治疗、造血干细胞移植及分子靶向治疗各种恶性肿瘤，尤其是治疗各种恶性淋巴瘤、多发性骨髓瘤、白血病；分子靶向基因治疗恶性淋巴瘤、白血病、多发性骨髓瘤；持续静脉泵化疗、大剂量化疗及生物治疗恶性淋巴瘤的水平处省内领先水平。科室拥有省内领先的移植层流病房，开展了造血干细胞移植大剂量化疗治疗恶性淋巴瘤、白血病、多发性骨髓瘤、肺癌、乳腺癌、胃癌等恶性肿瘤。1人担任江西省血液肿瘤专业委员会副主任委员，1人担任江西省淋巴瘤专业委员会副主任委员，1人任中华医学会江西省血液分会常委，1人任江西省抗癌协会化疗专业委员会委员。主持或参与省厅级课题多项，在省级以上医学杂志发论文数十余篇。
内二科科室额定床位数60张。现有医务人员24人，其中主任医师陈颖兰、王迪进；副主任医师刘敏知、蔡云、任剑。主要负责肺癌、头颈部肿瘤的内科诊治与研究，每年收治肺癌800人次、头颈部肿瘤100人次。在对恶性肿瘤规范治疗的同时，采用先进的流式细胞术、体外药敏试验等技术，能准确检测或预测患者的免疫功能、肿瘤恶性程度、是否存在耐药等。采用PICC术及外周短导管术，有效避免了化疗药物对血管的损伤及反复静脉穿刺给病人带来的痛苦。创新性地将PICC术用于恶性胸水的治疗，使恶性胸水的治疗达成98%，成为科室治疗的特色。主持或参与省厅级课题多项，在省级以上医学杂志发论文30余篇。
内三科科室额定床位数40张。现有医务人员22人，其中主任医师邓觐云、程楚、万以叶、黄友弟、何波；副主任医师赵波涛、吴秋保。主要负责乳腺癌、消化系肿瘤的内科诊治与研究，每年收治乳腺癌600人次、消化道肿瘤700人次。在乳腺癌化疗，包括晚期乳腺癌、心包胸腔积液、腹腔积液及骨转移治疗；消化道肿瘤化疗，包括晚期肿瘤进行腹腔化疗；肿瘤的基因分子靶向治疗等方面形成了自身的特色和优势。1人担任中国抗癌协会临床肿瘤化疗专业委员会委员，1人担任江西省抗癌协会理事。主持或参与省厅级课题多项，在省级以上医学杂志发论文20余篇。