嘉兴一院血吸虫病科一直是嘉兴市重点专科，经多年努力，于2001年被省卫生厅批准为第二批省重点扶植学科。该科是目前浙江省唯一集血吸虫病预防、治疗、科研和管理工作为一体的专科，在省内外具有一定的知名度。

从50年代起，一直承担着嘉兴地区的血吸虫病诊断治疗和科研任务，对血吸虫防治有着丰富的临床经验。曾在血吸虫病专家、老院长周学章(已故)的带领下，取得了令人瞩目的成就，在全国颇具影响。

1992年嘉兴血吸虫病防治院并入我院后，成立了血吸虫病临床研究室和晚期血吸虫病管理办公室(简称晚血办)，当时由省血吸虫病研究委员会委员、主任医师乌文琳任科主任，重新开设血吸虫病专科病区和专科门诊。2007年起，由吴一鸣副主任医师担任科主任。继续承担着五县二区的血吸虫病的诊治和省内外疑难病人、输入性疑似血吸虫病人的诊治、晚血临床鉴定和会诊、疑似病例的疫情报告等各项任务。

通过几代人的努力，在血吸虫病防治工作中先后获得国家发明奖1项，科技成果奖21项。近年来开展省协作科研项目“晚期血吸虫病与生化的研究”获省政府1992年度科技进步二等奖;“超声诊断在日本血吸虫病诊治中实用价值的研究”获省政府1997年度科技进步优秀奖和省卫生厅科技成果三等奖，“吡喹酮治疗日本血吸虫病远期随访研究”课题经省卫生厅组织的血吸虫病有关专家鉴定认为：填补了国内、外空白，达到国际先进水平，该项目获省卫生厅1998年度科技成果二等奖。“晚期血吸虫病巨脾及肝纤维化程度对免疫功能的影响”课题获嘉兴市2004年度科技进步二等奖。“日本血吸虫病肝纤维化发展机制及其防治的临床研究”课题2007年初经专家评审研究认为该项成果已达到同类研究的国内领先、国际先进水平。目前申报评奖现已获得省卫生厅2006年度科技创新二等奖，获嘉兴市科技进步一等奖。先后共发表论文200余篇，参加国际交流10余篇，2003年还编辑出版了血吸虫病专辑。

1998年起，该科连续3年承办了3期国家级继续教育项目《血吸虫病防治新进展》学习班。2003年9月份又组织举办国家级继续教育项目《血吸虫病肝纤维化防治进展学术会议》，并受卫生部血吸虫病专家咨询委员会委托举办了《血吸虫病肝纤维化诊断和治疗研讨会》。

该科设有预防、临床(内、外科)、B超、病理、化验5个学组，现有主任医师3名，副主任医师7名。