嘉兴一院消化科创立于1981年，现有主任医师2名，副主任医师6名，主治医师2名，硕士研究生1名。多年来，该科在消化道疾病的诊断和治疗上取得了较大进展。

该科的胃肠道内窥镜诊治颇具特色，先后开展了早期胃癌的内窥镜诊断、内镜下急诊消化道止血、术中内镜检查术、胃肠息肉摘除术、内镜下经皮胃造瘘、内镜下食道曲张静脉的硬化剂治疗与皮圈套扎、食管狭窄的扩张治疗及支架放置术、十二指肠镜下逆行胰胆管造影、鼻胆引流、胆道括约肌切开等技术项目，并开展选择性肠系膜动脉造影及手术中内镜检查诊断小肠出血，取得良好效果。该科还开展诊断性腹腔镜及超声引导下肝穿刺活检术，对B超与CT不能确诊的肝占位性病变提供了有效诊断方法。1999年起开展14C呼气试验检测HP，为与HP感染有关的胃炎、溃疡病提供简便的诊断及判断疗效的方法。近年来已开展了消化道出血内镜下止血夹上血、内镜直视下尼龙线圈结扎大息肉后电凝摘除术，取得了满意的疗效。2005日后年以来以开展了幽门螺旋杆菌培养及药敏感试验，为临床医师抗HP治疗提供指导性意见。填补了本地区HP诊治的空白。

1998年起承担省科委课题——消溃素治疗溃疡性结肠炎临床研究，利用医院自己发明的生物制品在肠镜下治疗溃疡性结肠炎取得满意疗效，获2001年嘉兴市科技进步一等奖。2006年省卫生厅科技进步三等奖1项。