1960年医院在市内率先开设儿科，2002年成为嘉兴市第二批市级医学重点学科，现有主任医师3名，副主任医师5名，主治医师7名，住院医师7名。;儿科主任吴鸣是市卫生系统后备学科带头人。儿科主任医师石桂枝是市医学会儿科学组组长、市中西医结合学会理事长、省医学会儿科学组常委、省中西医结合学会儿科专业组副主任委员;金松华是市医学会儿科学组副组长，嘉兴市儿科学重点学科负责人;滕懿群是嘉兴市新世纪专业技术带头人培养人才、市卫生系统学科带头人。医院儿科已形成一支业务水平高、技术力量雄厚的学科队伍。

医院儿科开设门诊、急诊及住院的临床诊治业务，并设立新生儿重症监护、儿科重症监护、新生儿、小儿消化、小儿神经、小儿呼吸、小儿哮喘、小儿血液、小儿肾脏、小儿内分泌及小儿营养等二级专科。年门急诊4万余人次，年住院患儿5000余人次。儿科业务辐射全市5县、市(区)及周边省、市邻近县(市)。儿科拥有进口的小儿呼吸机2台、监护仪、奥林派斯小儿纤维胃镜、新生儿远红外辐射床、蓝光照射箱、蓝光床、新生儿暖箱和喷射雾化吸入仪等医疗设备。

医院儿科开展多项新技术、新项目，有些新技术在国内、省内、市内处于领先地位，如溶栓疗法治疗新生儿肢体动、静脉急性血栓形成，新生儿血友病合并颅内出血、肺出血的诊治，肺表面活性物质治疗新生儿呼吸窘迫综合征、小儿胃镜诊治包括年龄2岁在内的小儿胃、十二指肠疾病、机械通气救治小儿、新生儿呼吸衰竭、机械通气合用胸腔闭塞引流救治先天性气胸新生儿患者，小儿血液净化技术救治中毒、颅内高压、急性肾衰竭等危重疾病。另外，在小儿重症肺炎、哮喘持续状态、暴发型病毒性脑炎、新生儿硬肿症、频繁复发的难治性肾病综合症、小儿重症腹泻、迁延性腹泻等小儿危重症、难治症都有一套较独特的有效的治疗方法，并取得良好的疗效。

多年来儿科积极开展临床科研工作，目前在市科委科研立项3项，已获得浙江省医药科技创新奖三等奖2项、市科委科技进步二等奖1项、市科委科技进步三等奖4项、市科委科技进步优秀奖1项，在医学Ⅰ类、Ⅱ类期刊上发表医学论文近70篇。