九三中心医院儿科是医院的重要科室，它担负着九三地区附近周边地区儿童医疗保健工作，拥有一支15人组成医疗护理队伍，其中，副主任医师1人、主治医师4人、医师1人、主管护师3人、护师3人、护士3人。大部分医务人员曾在北京、哈尔滨等各大医院进修学习。
九三中心医院儿科位于住院部大楼一楼南侧，床位25张，拥有婴儿保温箱、雾化吸入器、中药导入治疗机，微量元素测定仪等先进医疗设备，近几年来科室开展多项新技术及新项目，使小儿疾病的治疗有了新的突破，如酚妥拉明治疗喘憋型肺炎、纳络酮治疗新生儿缺氧缺血性脑病以及新生儿抢救，卡托普利治疗重症肺炎、硝普纳治疗心源性休克、中药导入治疗婴幼儿腹泻、遗尿、腮腺炎，黄芪治疗心肌炎、喘乐宁雾化治疗喘憋性肺炎都收到满意疗效，此外，科室还开展了一滴血测定微量元素及血铅；多动 、秽语综合征检查；智商及各种能力测试；生长发育及营养养保健；儿童气质调查等等，其中纳络酮加地塞米松治疗新生儿缺血缺氧性脑病疗效观察、硝普钠持续静点治疗心源性休克等5项科研成果荣获总局、分局及医院新技术奖，为九三地区儿童的健康成长做出了突出的贡献。